農林水産大臣は、水産動植物に重大な被害が生じ、又は生ずるおそれがあると認められる場合において、当該被害の拡大又は発生を防止するため緊急の必要があると認めるときは、機構に対し、第十二条第一項第一号及び第三号に掲げる業務のうち必要な試験及び研究、調査、分析、鑑定又は技術の開発を実施すべきことを要請することができる。
2機構は、前項の規定による農林水産大臣の要請があったときは、速やかにその要請された試験及び研究、調査、分析、鑑定又は技術の開発を実施しなければならない。
独立行政法人さけ・ます資源管理センターは、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において独立行政法人水産総合研究センターが承継する。
2この法律の施行の際現に独立行政法人さけ・ます資源管理センターが有する権利のうち、独立行政法人水産総合研究センターがその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
3前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
4独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、独立行政法人水産総合研究センターが受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、独立行政法人水産総合研究センターに対してなされるものとする。
5独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。
6独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。
7独立行政法人さけ・ます資源管理センターの平成十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。
8前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、独立行政法人水産総合研究センターが行うものとする。この場合において、附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人さけ・ます資源管理センター法（平成十一年法律第百九十号。次条第一項において「旧さけ・ます資源管理センター法」という。）第十一条の規定（同条の規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、同条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人水産総合研究センターの平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人水産総合研究センター法（平成十一年法律第百九十九号）第十一条第一項及び第二項」とする。
9第一項の規定により独立行政法人さけ・ます資源管理センターが解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
施行日前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。