研究機構の資本金は、附則第五条第二項の規定により政府から出資があったものとされた金額とする。
2研究機構は、必要があるときは、主務大臣の認可を受けて、その資本金を増加することができる。
3政府は、前項の規定により研究機構がその資本金を増加するときは、予算で定める金額の範囲内において、研究機構に追加して出資することができる。この場合において、政府は、第十五条各号に掲げる業務のそれぞれに必要な資金に充てるべき金額を示すものとする。
4政府以外の者は、研究機構に出資しようとする場合は、第十五条第二号及び第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資しなければならない。この場合において、当該政府以外の者は、同条第二号及び第三号に掲げる業務のそれぞれに必要な資金に充てるべき金額を示すものとする。
研究機構の成立前に附則第二条に規定する政令で定める部局又は機関が薬事法（昭和三十五年法律第百四十五号）第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十四条第一項の規定により受けた承認は、研究機構の成立の時において、研究機構が同項の規定により受けた承認とみなす。
2研究機構は、その成立の日から起算して六月間は、薬事法第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十二条第一項及び第二十四条第一項の規定による許可を受けないで、農林水産省令で定めるところにより、家畜及び家きん専用の血清類及び薬品であって、前項の規定によりその製造について同法第八十三条の規定により読み替えて適用される同法第十四条第一項の規定により承認を受けたとみなされるものの製造及び配布を行うことができる。
施行日の前日において健康保険組合（推進機構の事業所又は事務所を健康保険法（大正十一年法律第七十号）第十七条第一項に規定する設立事業所とする健康保険組合をいう。以下この項において同じ。）の被保険者であった者で推進機構の役員又は職員であったもののうち、施行日に農林水産省共済組合（国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第三条第一項の規定により農林水産省に属する職員（同法第二条第一項第一号に規定する職員をいう。以下この項において同じ。）及びその所管する独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）の職員をもって組織された国家公務員共済組合をいう。以下同じ。）の組合員となった者（研究機構の役員又は職員となった者に限る。）に係る施行日以後の給付に係る国家公務員共済組合法の短期給付に関する規定及び同法第百二十六条の五第一項の規定の適用については、その者は、施行日前の健康保険組合の被保険者であった間（推進機構の役員又は職員であった間に限る。）農林水産省共済組合の組合員であったものとみなし、その者が施行日前に健康保険法による保険給付を受けていた場合における当該保険給付は、国家公務員共済組合法に基づく当該保険給付に相当する給付とみなす。
2この法律の施行の際前項に規定する者のうち健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができた者であって、同一の傷病について国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができるものに係る同条第二項の規定の適用については、当該健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日を当該国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日とみなす。
この法律の施行の際現に存する特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号。次条において「特労法」という。）第四条第二項に規定する労働組合であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者であるものは、この法律の施行の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該労働組合が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
2前項の規定により法人である労働組合となったものは、施行日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
3第一項の規定により労働組合法の適用を受ける労働組合となったものについては、施行日から起算して六十日を経過する日までは、同法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
研究機構は、新研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間において、研究機構がこの法律の施行の際現に行っている第一条の規定による改正前の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条第一項第六号に掲げる業務（当該業務に係る同項第七号から第九号までに掲げる業務を含む。）及びこれに附帯する業務（以下この条において「特例業務」という。）を行う。
2研究機構は、特例業務に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定を設けて整理しなければならない。
3前項に規定する勘定における通則法第四十四条第一項ただし書の規定の適用については、同項ただし書中「第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とあるのは、「政令で定めるところにより計算した額を国庫に納付する場合又は第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とする。
4第一項の規定により研究機構が特例業務を行う場合には、新研究機構法第十六条第一項中「第四十四条第一項」とあるのは「第四十四条第一項（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）附則第六条第二項に規定する勘定にあっては、同条第三項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項。以下この項において同じ。）」と、「同条第一項」とあるのは「通則法第四十四条第一項」と、「業務」とあるのは「業務及び平成二十七年整備法附則第六条第一項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）」と、新研究機構法第十七条中「掲げる業務」とあるのは「掲げる業務及び特例業務」と、新研究機構法第十九条第二項中「業務」とあるのは「業務並びに特例業務」と、新研究機構法第二十一条第二項並びに第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「業務」とあるのは「業務及び特例業務」と、新研究機構法第二十四条第二号中「規定する業務」とあるのは「規定する業務及び特例業務」とする。
5研究機構は、特例業務を終えたときは、第二項に規定する勘定を廃止するものとし、その廃止の際当該勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、当該残余財産の額に相当する額を特例業務に係る各出資者に対しその出資額に応じて分配するものとする。
6前項の規定により特例業務に係る各出資者に分配することができる額は、その出資額を限度とする。
7第五項の規定による分配の結果なお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
8研究機構は、第五項の規定により第二項に規定する勘定を廃止したときは、その廃止の際当該勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。