独立行政法人は、その行う事務及び事業が国民生活及び社会経済の安定等の公共上の見地から確実に実施されることが必要なものであることに鑑み、適正かつ効率的にその業務を運営するよう努めなければならない。
2独立行政法人は、この法律の定めるところによりその業務の内容を公表すること等を通じて、その組織及び運営の状況を国民に明らかにするよう努めなければならない。
3この法律及び個別法の運用に当たっては、独立行政法人の事務及び事業が内外の社会経済情勢を踏まえつつ適切に行われるよう、独立行政法人の事務及び事業の特性並びに独立行政法人の業務運営における自主性は、十分配慮されなければならない。
前条に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
3この法律の公布の日から施行日の前日までの間においては、第三条の規定による改正後の独立行政法人通則法第六十条第三項中「国家公務員法第三章第八節及び第四章（第五十四条の二第一項」とあるのは、「国家公務員法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第百八号）第一条の規定による改正後の国家公務員法第三章第八節及び第四章（国家公務員法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第百八号）第三条の規定による改正後の第五十四条の二第一項」とする。
施行日前に独立行政法人が行った財産の譲渡であって、施行日において新法第四十六条の二第一項に規定する政府出資等に係る不要財産（金銭を除く。）の譲渡に相当するものとして主務大臣が定めるものは、施行日においてされた同条第二項の規定による政府出資等に係る不要財産の譲渡とみなして、同項から同条第六項までの規定を適用する。この場合において、同条第二項中「納付することができる」とあるのは、「納付するものとする」とする。
施行日から附則第一条第二号に定める日の前日までの間は、新国家公務員法第三条、第十八条の二、第二十七条の二、第六十一条の二、第六十一条の七及び第七十条の六の規定並びに附則第三十二条の規定による改正後の独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下この項において「新独立行政法人通則法」という。）第五十四条の二第一項の規定の適用については、新国家公務員法第三条第二項及び第十八条の二第一項中「、幹部職員の任用等に係る特例及び幹部候補育成課程」とあるのは「及び幹部職員の任用等に係る特例」と、新国家公務員法第二十七条の二中「、合格した採用試験の種類及び第六十一条の九第二項第二号に規定する課程対象者であるか否か又は同号に規定する課程対象者であつたか否か」とあるのは「及び合格した採用試験の種類」と、新国家公務員法第六十一条の二第一項中「次項及び第六十一条の十一」とあるのは「次項」と、同項第一号中「この項及び第六十一条の九第一項」とあるのは「この項」と、同項第二号中「、第六十一条の六並びに第六十一条の十一」とあるのは「並びに第六十一条の六」と、新国家公務員法第六十一条の七第一項中「この款及び次款」とあるのは「この款」と、「、第六十一条の九第二項第二号に規定する課程対象者その他」とあるのは「その他」と、新国家公務員法第七十条の六第一項第二号中「各行政機関の課程対象者の政府全体を通じた育成又は内閣の」とあるのは「内閣の」と、新独立行政法人通則法第五十四条の二第一項中「、幹部職員の任用等に係る特例及び幹部候補育成課程」とあるのは「及び幹部職員の任用等に係る特例」とする。
独立行政法人評価委員会の委員の任命権者（次項において単に「任命権者」という。）は、新法第二条第三項に規定する研究開発に関して高い識見を有する外国人（日本の国籍を有しない者をいう。次項及び第三項において同じ。）を、独立行政法人評価委員会の委員に任命することができる。
2任命権者は、外国人である独立行政法人評価委員会の委員を、前条第一項の規定により読み替えてその例によるものとされた新法第三十五条の四第四項の規定により主務大臣に対して意見を述べる事務以外の事務に従事させてはならない。
3第一項の場合において、外国人である独立行政法人評価委員会の委員は、独立行政法人評価委員会の会務を総理し、独立行政法人評価委員会を代表する者となることはできず、当該委員の数は、独立行政法人評価委員会の委員の総数の五分の一を超えてはならない。