法第十一条第一項に規定する厚生労働省令で定める感染症は、次に掲げるものとする。
次に掲げる省令は、廃止する。
感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律等の一部を改正する法律による改正後の感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（以下「新感染症法」という。）第五十六条の三第二項の指定又は新感染症法第五十六条の六第一項本文の許可の日において既に管理区域に立ち入ったことのある者に対する第一条による改正後の感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行規則（以下「新規則」という。）第三十一条の二十四第一項第一号の規定の適用については、同号中「初めて管理区域に立ち入る前及び管理区域」とあるのは「管理区域」とする。
2新感染症法第五十六条の三第二項の指定又は新感染症法第五十六条の六第一項本文の許可の日において既に病原体等の取扱い、管理又はこれに付随する業務を行っている者に対する新規則第三十一条の二十四第一項第二号の規定の適用については、同号中「取扱等業務を開始する前及び取扱等業務」とあるのは「取扱等業務」とする。
平成二十年一月一日前に風しん若しくは麻しんの患者を診断し、又は風しん若しくは麻しんにより死亡した者の死体を検案したときに指定届出機関（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律第十四条第一項に規定する指定届出機関をいう。以下同じ。）の管理者が行う届出及び当該届出を受けた当該指定届出機関の所在地を管轄する都道府県知事（保健所を設置する市又は特別区にあっては、市長又は区長）が行う報告については、この省令による改正前の感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行規則第六条の規定は、なおその効力を有する。
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
2この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
この省令の施行の日前に行われたこの省令による改正前の感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行規則第二十条の二第四号の結核性疾患に対して行う医療については、なお従前の例による。
この省令の施行の日（以下「施行日」という。）前に診断した患者に係る感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成十年法律第百十四号）第十四条第二項の届出については、なお従前の例による。
この省令の施行の日（以下「施行日」という。）前に髄膜炎菌性髄膜炎と診断された患者に係る感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成十年法律第百十四号。以下「法」という。）第十二条第一項第二号の届出については、なお従前の例による。
2施行日前に細菌性髄膜炎と診断された患者に係る法第十四条第二項の届出については、なお従前の例による。
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
2この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
2この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
この省令の施行の際現にある第二条の規定による改正前の様式（次条において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。
都道府県知事は、この省令の施行前においても、この省令による改正後の感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行規則（以下「新令」という。）第六条第一項又は第七条の三の規定の例により、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（以下「法」という。）第十四条第一項又は第十四条の二第一項の規定による指定をすることができる。この場合において、当該指定は、この省令の施行の日にその効力を生ずる。