厚生労働大臣は、感染症のうち、特に総合的に予防のための施策を推進する必要があるものとして厚生労働省令で定めるものについて、当該感染症に係る原因の究明、発生の予防及びまん延の防止、医療の提供、研究開発の推進、国際的な連携その他当該感染症に応じた予防の総合的な推進を図るための指針（次項において「特定感染症予防指針」という。）を作成し、公表するものとする。
2厚生労働大臣は、特定感染症予防指針を作成し、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、厚生科学審議会の意見を聴かなければならない。
施行日前に行われた医師の診断に係る附則第三条の規定による廃止前の後天性免疫不全症候群の予防に関する法律（次条において「旧後天性免疫不全症候群の予防に関する法律」という。）第五条の規定による報告については、なお従前の例による。
新感染症法第七十八条の規定は、この法律の施行の日以後に日本国について効力を生ずる条約及びテロリストによる爆弾使用の防止に関する国際条約により日本国外において犯したときであっても罰すべきものとされる罪に限り適用する。
2国際的な組織犯罪の防止に関する国際連合条約が日本国について効力を生ずる日がこの法律の施行の日前である場合には、前項の規定にかかわらず、新感染症法第七十八条の規定は、同条約により日本国外において犯したときであっても罰すべきものとされる罪についても適用する。
都道府県知事及び保健所設置市等の長は、施行日前においても、第三条改正後感染症法第三十六条の六の規定の例により、検査等措置協定（同条第一項に規定する検査等措置協定をいう。次項において同じ。）を締結することができる。
2前項の規定により締結された検査等措置協定は、施行日において第三条改正後感染症法第三十六条の六第一項の規定により締結されたものとみなす。