特定の政策目的のために国又は都道府県から利子補給を受けて組合員又は会員に対して貸し付ける資金であって平成十四年三月三十一日までに国又は都道府県が当該資金の貸付けに係る計画の承認をしたものを貸し付けている組合が、施行日から起算して三月を経過する日までにその旨を行政庁に届け出た場合における新命令第十七条第一項の規定の適用については、同項中「次の各号に掲げる額」とあるのは「次の各号に掲げる額及び特定の政策目的のため国又は都道府県から利子補給を受けて組合員又は会員に対して貸し付ける資金であって平成十四年三月三十一日までに国又は都道府県が当該資金の貸付けに係る計画の承認をしたものに係る貸付金の額」とする。
この命令による改正後の農業協同組合及び農業協同組合連合会の信用事業に関する命令第五十一条の二の規定は、平成十九年三月三十一日以後に終了する事業年度に係る農業協同組合法施行令（昭和三十七年政令第二百七十一号）第三条の三第二項に規定する資金及び自己資本の額の計算から適用する。
組合又は特定信用事業代理業者（新農業協同組合法第九十二条の二第三項に規定する特定信用事業代理業者をいう。以下この条において同じ。）が施行日以後に利用者（当該組合との間で施行日前に特定貯金等契約に相当する契約を締結した者に限る。）又は顧客（当該特定信用事業代理業者による代理又は媒介により施行日前に特定貯金等契約に相当する契約を締結した者に限る。）を相手方とする特定貯金等契約の締結又はその代理若しくは媒介を行おうとする場合における新農業協同組合法第十一条の二の四又は第九十二条の五において読み替えて準用する新金融商品取引法第三十七条の三第一項ただし書の主務省令で定める場合は、当該利用者又は顧客が施行日から起算して三月以内に当該特定貯金等契約を締結しようとする場合とする。
2前項の場合において、組合又は特定信用事業代理業者は、特定貯金等契約が成立したときは、遅滞なく、同項の利用者又は顧客に対し、契約締結前交付書面を交付しなければならない。
新農業協同組合等信用事業命令別紙様式、新漁業協同組合等信用事業命令別紙様式及び新農林中央金庫法施行規則別紙様式は、この命令の施行の日以後に終了する事業年度に係る報告書について適用し、同日前に終了した事業年度に係る報告書については、なお従前の例による。
この命令の施行前に公表された前条の規定による廃止前の農業協同組合法第十条第一項第三号の事業を行う農業協同組合及び農業協同組合連合会の特定信用事業電子決済等代行業者との連携及び協働に係る方針に関する命令第二条各号に掲げる事項について定めた特定信用事業電子決済等代行業者との連携及び協働に係る方針は、この命令の施行の日（以下「施行日」という。）において第一条の規定による改正後の農業協同組合及び農業協同組合連合会の信用事業に関する命令第十四条の十第一項の規定により公表された同項の方針とみなす。
組合が、施行日以後に特定貯金等契約を締結しようとする場合であって、施行日前に、当該特定貯金等契約と同一の内容の特定貯金等契約に係る旧農業協同組合等信用事業命令第十条の十七第三号ニ（１）に規定する契約締結前交付書面（当該同一の内容の特定貯金等契約が外貨貯金等に係るものである場合にあっては、当該同一の内容の特定貯金等契約に係る外貨貯金等書面）を利用者に対し交付しているときは、当該書面の交付の日に新農業協同組合法第十一条の五において読み替えて準用する新金融商品取引法第三十七条の三第一項の規定により当該特定貯金等契約に係る新農業協同組合等信用事業命令第十条の二十二第一項に規定する方法による契約締結前交付書面（同項第一号イに規定する契約締結前交付書面をいう。次条第一項において同じ。）に記載すべき事項に係る情報の提供を行ったものとみなして、新農業協同組合等信用事業命令第十条の二十三第一項第一号及び第二項の規定を適用する。
2組合が、施行日以後に外貨貯金等に係る特定貯金等契約を締結しようとする場合であって、施行日前に、利用者から旧農業協同組合等信用事業命令第十条の二十四第一項第一号の意思の表明があったときは、施行日において、当該利用者から新農業協同組合等信用事業命令第十条の二十六の意思の表明があったものとみなして、同条の規定を適用する。