指定会社は、毎事業年度開始前に（第三条第一項の指定を受けた日の属する事業年度にあつては、その指定を受けた後速やかに）、事業計画及び収支予算を作成し、国土交通大臣に提出しなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。
2国土交通大臣は、前項の規定による事業計画及び収支予算の提出があつたときは、遅滞なく、これらの写しを関係港湾管理者に送付するものとする。
3指定会社は、毎事業年度経過後三月以内に、貸借対照表、損益計算書及び事業報告書を作成し、国土交通大臣に提出しなければならない。
政府は、この法律の施行後十年を経過した場合において、第一条及び第二条の規定による改正後の港湾法並びに第三条の規定による改正後の特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、これらの法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
政府は、会社法（平成十七年法律第八十六号）及び一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成十八年法律第四十八号）における法人の役員の資格を成年被後見人又は被保佐人であることを理由に制限する旨の規定について、この法律の公布後一年以内を目途として検討を加え、その結果に基づき、当該規定の削除その他の必要な法制上の措置を講ずるものとする。