国土交通大臣は、都道府県知事の申出に基づき、関係行政機関の長に協議して、指定ダム等により河川の流水が貯留される土地の区域の全部又は一部をその区域に含む市町村の区域のうち、指定ダム等の建設によりその基礎条件が著しく変化すると認められる地域を水源地域として指定することができる。
2前項の申出は、あらかじめ関係市町村長の意見をきき、かつ、国土交通省令で定めるところにより、指定ダム等の建設事業を所管する行政機関の長（以下「所管行政機関の長」という。）を通じてしなければならない。
3国土交通大臣は、水源地域を指定したときは、その旨を公示しなければならない。
4前三項の規定は、水源地域を変更する場合について準用する。
第三条から第十四条まで及び附則第五条から第七条までの規定による改正後の次に掲げる法律の規定は、平成十八年度以降の年度の予算に係る国の負担若しくは補助（平成十七年度以前の年度における事務又は事業の実施により平成十八年度以降の年度に支出される国の負担又は補助（第十五条第一号の規定による廃止前の公立養護学校整備特別措置法第二条第一項及び第三条第一項並びに附則第四項並びに第十五条第二号の規定による廃止前の公立高等学校危険建物改築促進臨時措置法第三条第一項の規定に基づく国の負担又は補助を含む。以下この条において同じ。）及び平成十七年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成十八年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担又は補助を除く。）又は交付金の交付について適用し、平成十七年度以前の年度における事務又は事業の実施により平成十八年度以降の年度に支出される国の負担又は補助、平成十七年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成十八年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担又は補助及び平成十七年度以前の年度の歳出予算に係る国の負担又は補助で平成十八年度以降の年度に繰り越されたものについては、なお従前の例による。