（法人税額から控除する所得税額の計算に関する経過措置）
第二十七条
新令第百四十条の二第一項及び第二項（法人税額から控除する所得税額の計算）の規定は、法人が受ける会社法施行日以後の日を同項に規定する計算の基礎となった期間の末日とする同項に規定する配当等（改正法附則第二十六条第一項（受取配当等の益金不算入等に関する経過措置）に規定する経過配当（以下この項において「経過配当」という。）を含む。）について適用し、法人が受けた会社法施行日前の日を旧令第百四十条の二第二項（法人税額から控除する所得税額の計算）に規定する計算の基礎となった期間の末日とする同項に規定する配当等（経過配当を除く。）については、なお従前の例による。
2会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転に係る新令第百四十条の二第二項及び第三項の規定の適用については、同条第二項中「株式移転完全親法人」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社（次項第二号イにおいて「株式移転完全親法人」という。）」と、「株式移転完全子法人」とあるのは「同条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社」とする。
3平成十八年十月一日前に行われた旧令第百四十条の二第四項第六号に掲げる完全子会社からの譲受けについては、なお従前の例による。
4会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転（保険業法第九十六条の八第一項（組織変更株式移転）に規定する組織変更株式移転を含む。）に係る旧令第百四十条の二第四項第六号の規定の適用については、同号中「第九十二条の八第一項（組織変更における株式移転）の株式移転を含む。）による完全親会社」とあるのは「第九十六条の八第一項（組織変更株式移転）に規定する組織変更株式移転を含む。）による会社法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社（保険業法第九十六条の八第一項に規定する組織変更株式移転設立完全親会社を含む。以下この号及び次項において「完全親会社」という。）」と、「係る完全子会社」とあるのは「係る会社法第七百七十三条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社（保険業法第九十六条の八第一項に規定する組織変更後株式会社を含む。以下この号において「完全子会社」という。）」とする。
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（法人税法施行令等の一部を改正する政令の一部改正に伴う経過措置）
附則前条の規定による改正後の法人税法施行令等の一部を改正する政令（次項において「新平成十四年改正令」という。）附則第五条第十一項第六号（退職給与引当金に関する経過措置）の規定は、施行日後に行われる同号に規定する合併について適用する。
2新平成十四年改正令附則第五条第十四項及び第十五項の規定は、施行日後に同条第十四項に規定する特定普通法人が公益法人等に該当することとなる場合について適用する。
（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う還付特例対象法人税額等の範囲に関する経過措置）
附則十月新令第百七十五条第二項（第一号に係る部分に限る。）（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う還付特例対象法人税額等の範囲）の規定は、平成二十二年十月一日以後に解散する法人について生ずる同号に掲げる事実について適用する。
（通算承認に関する経過措置）
附則旧法人税法第四条の五第二項（第五号に係る部分に限るものとし、その発行済株式又は出資を直接又は間接に保有する旧法人税法第二条第十二号の七に規定する連結子法人の破産手続開始の決定による解散に基因して同項第五号に掲げる事実が生じた場合を除く。）の規定により旧法人税法第四条の二の承認を取り消された法人（改正法附則第十六条第二項（第五号に係る部分に限るものとし、その発行済株式又は出資を直接又は間接に保有する旧法人税法第二条第十二号の七に規定する連結子法人の破産手続開始の決定による解散に基因して同項第五号に掲げる事実が生じた場合を除く。）の規定によりなお従前の例により旧法人税法第四条の二の承認を取り消された法人を含むものとし、これらの承認の取消しの直前において新法人税法第六十四条の九第一項に規定する親法人による完全支配関係（同項に規定する政令で定める関係に限る。）があったものに限る。）でこれらの承認の取消しの日から同日以後五年を経過する日の属する事業年度終了の日までの期間を経過していないものは、新法人税法施行令第百三十一条の十一第三項第一号に掲げる法人とみなして、新法人税法第六十四条の九の規定を適用する。
2改正法附則第二十九条第一項の規定により新法人税法第六十四条の九第一項の規定による承認があったものとみなされた通算法人については、新法人税法施行令第百三十一条の十二第三項の規定は、適用しない。
3新法人税法施行令第百三十一条の十三第一項第三号（第二十四条の規定による改正後の法人税法施行令等の一部を改正する政令附則第十三条第二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定の適用については、同号イに掲げる金額には同号に規定するリース譲渡又は特定資産の販売等に係る収益の額のうち当該事業年度前の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入されたものを、同号ロに掲げる金額には同号に規定するリース譲渡又は特定資産の販売等に係る費用の額のうち当該事業年度前の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入されたものを、それぞれ含まないものとする。