国内に居住することとなつた個人が次の各号のいずれかに該当する場合には、その者は、国内に住所を有する者と推定する。
2前項の規定により国内に住所を有する者と推定される個人と生計を一にする配偶者その他その者の扶養する親族が国内に居住する場合には、これらの者も国内に住所を有する者と推定する。
新令第二百七十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付）の規定を適用する場合において、既に同項後段に規定する前前年分の所得税につき旧法第三十六条（純損失の繰戻しによる還付）の規定の適用があつたときは、同項後段に規定する前前年分の課税総所得金額、課税退職所得金額及び課税山林所得金額に相当する金額からその適用に係る純損失の金額を控除した金額をもつて当該課税総所得金額、課税退職所得金額及び課税山林所得金額とみなし、かつ、同項後段に規定する前前年分の所得税の額に相当する金額からその適用により還付された金額を控除した金額をもつて当該所得税の額とみなす。
新令第百八十四条の二（リース取引に係る各種所得の金額の計算）の規定は、平成十年十月一日以後に締結される契約に係る同条第一項に規定するリース取引について適用する。
改正法附則第十条第二項（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する政令で定める契約は、建物又は動産の共済期間中の耐存を共済事故とする共済に係る契約とする。
2改正法附則第十条第二項の規定の適用がある場合における所得税法の規定の適用については、同法第百九十条第二号ロ（年末調整）中「第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「平成十八年改正法」という。）附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「第七十七条まで」とあるのは「第七十七条（平成十八年改正法附則第十条第二項の規定により適用される場合を含む。）まで」と、同法第百九十六条第一項（給与所得者の保険料控除申告書）中「地震保険料に」とあるのは「地震保険料等に」と、同項第三号中「第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料」とあるのは「平成十八年改正法附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「これらの規定」とあるのは「第七十六条又は第七十七条（地震保険料控除）（同項の規定により適用される場合を含む。）の規定」と、同条第二項中「地震保険料」とあるのは「地震保険料等」と、同法第百九十八条第五項（給与所得者の源泉徴収に関する申告書の提出時期等の特例）中「地震保険料」とあるのは「地震保険料等」とする。
3改正法附則第十条第二項の規定の適用がある場合における新令の規定の適用については、新令第二百五十八条第三項第四号（年の中途で非居住者が居住者となった場合の税額の計算）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「平成十八年改正法」という。）附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「の規定」とあるのは「（地震保険料控除）（同項の規定により適用される場合を含む。）の規定」と、新令第二百六十二条第一項（確定申告書に関する書類の提出又は提示）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料」とあるのは「平成十八年改正法附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「「地震保険料」」とあるのは「「地震保険料等」」と、同項第五号中「地震保険料の」とあるのは「地震保険料等の」と、新令第三百十九条第八号（保険料控除申告書に関する書類の提出又は提示）中「地震保険料」とあるのは「地震保険料等」とする。
4改正法附則第十条第二項の規定の適用がある場合における租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の規定の適用については、同法第四条の四第二項（勤労者財産形成貯蓄契約に基づく生命保険等の差益等の課税の特例）中「の規定」とあるのは、「並びに所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第十条第二項の規定」とする。
5前三項に定めるもののほか、改正法附則第十条第二項の規定の適用がある場合における所得税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。
平成二十年四月一日前に締結された契約に係る旧令第百八十四条の二第三項（リース取引に係る各種所得の金額の計算）に規定するリース取引については、なお従前の例による。
新令第二百九十条（非居住者の置く代理人等）の規定は、平成二十年四月一日以後の新法第百六十四条第一項各号及び第二項各号（非居住者に対する課税の方法）に掲げる国内源泉所得について適用し、同日前の旧法第百六十四条第一項各号及び第二項各号（非居住者に対する課税の方法）に掲げる国内源泉所得については、なお従前の例による。
2平成二十年四月一日から施行日前までの間に生じた新法第百六十四条第一項第三号に掲げる国内源泉所得を有する非居住者が、旧令第二百九十条（非居住者の置く代理人等）の規定を適用したならば旧法第百六十四条第一項第三号に掲げる非居住者に該当することとなる場合（新令第二百九十条の規定により新法第百六十四条第一項第三号に掲げる非居住者に該当しないこととなる場合に限る。）には、当該非居住者の選択により、前項の規定にかかわらず、同年四月一日から施行日前までの間は、当該非居住者は新法第百六十四条第一項第三号に掲げる非居住者に該当するものとして、当該国内源泉所得について新法第百六十五条（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により同条に規定する総合課税に係る所得税の課税標準及び所得税の額を計算することができる。この場合において、当該非居住者が当該国内源泉所得について同条の規定を適用するときは、当該国内源泉所得のすべてについて、同条の規定を適用しなければならない。
新令第三百五十二条の二第一項及び第二項（第四号に係る部分に限る。）（償還金等の支払調書の提出範囲）の規定は、平成二十八年一月一日以後に行われる新法第二百二十五条第一項第十一号（支払調書）に規定する償還金等の交付について適用する。
平成二十六年改正法附則第十九条第三項（源泉徴収義務等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年旧所得税法第二百十四条第一項から第三項まで（源泉徴収を要しない非居住者の国内源泉所得）の規定の適用については、旧令第三百三十条から第三百三十三条まで（非居住者が源泉徴収の免除を受けるための要件等）の規定は、なおその効力を有する。
新令第三百十九条の二第一項、第三百二十四条並びに第三百二十五条第一項及び第二項（源泉徴収の免除の要件に該当しなくなった場合の手続等）の規定は、平成二十九年一月一日以後に新令第三百十九条の二第一項若しくは第三百二十四条の規定により提出する申請書又は新令第三百二十五条第一項若しくは第二項の規定により提出する届出書について適用し、同日前に旧令第三百十九条の二第一項若しくは第三百二十四条（報酬又は料金に係る源泉徴収の免除を受けるための手続等）の規定により提出した申請書又は旧令第三百二十五条第一項若しくは第二項（源泉徴収の免除の要件に該当しなくなった場合の手続等）の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。
新令第二百十七条第一号の二（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、個人が施行日以後に支出する新法第七十八条第一項（寄附金控除）に規定する特定寄附金について適用し、個人が施行日前に支出した旧法第七十八条第一項（寄附金控除）に規定する特定寄附金については、なお従前の例による。
新令第三百五十条の八第四項、第三百五十条の九第五項及び第三百五十条の十の規定は、施行日以後に新令第三百五十条の八第一項から第三項までの規定による告知をする場合について適用し、施行日前に旧令第三百五十条の八第一項から第三項までの規定による告知をした場合については、なお従前の例による。
2新令第三百五十条の九第四項の規定は、施行日以後に新令第三百五十条の八第一項から第三項までの規定による告知をする場合について適用する。