任意継続組合員の存する組合に係る法第九十九条第一項及び第二項の規定の適用については、同条第一項中「職員」とあるのは「職員（第一号から第三号までに規定する費用については、第百二十六条の五第二項に規定する任意継続組合員（次項において「任意継続組合員」という。）を含む。）」と、同項第一号中「掛金」とあるのは「掛金（第百二十六条の五第二項に規定する任意継続掛金（次号及び第三号並びに次項において「任意継続掛金」という。）を含む。）」と、同項第二号及び第三号中「掛金」とあるのは「掛金（任意継続掛金を含む。）」と、同条第二項中「組合員の掛金」とあるのは「組合員の掛金（任意継続掛金を含む。）」と、同項第一号から第三号まで及び第五号中「掛金百分の五十、国の負担金百分の五十」とあるのは「掛金百分の五十、国の負担金百分の五十（任意継続組合員に係るものにあつては、任意継続掛金百分の百）」とする。
国家公務員共済組合法施行令第十一条の三の五第二項第二号に掲げる者のうち、次の各号のいずれかに該当するもの（以下この条において「特定収入組合員」という。）に係る同令第十一条の三の四第二項の高額療養費算定基準額は、新国共済令第十一条の三の五第二項の規定にかかわらず、第八条の規定による改正前の国家公務員共済組合法施行令（次項において「旧国共済令」という。）第十一条の三の五第二項第一号に定める金額とする。
2特定収入組合員に係る国家公務員共済組合法施行令第十一条の三の四第三項の高額療養費算定基準額は、新国共済令第十一条の三の五第三項の規定にかかわらず、旧国共済令第十一条の三の五第三項第一号に定める金額とする。
3特定収入組合員又はその被扶養者に係る新国共済令第十一条の三の六第一項及び第二項の規定の適用については、これらの規定中「当該各号に定める金額」とあるのは、「健康保険法施行令等の一部を改正する政令（平成二十年政令第百十六号）第八条の規定による改正前の同項第二号イ又は第三号イに定める金額」とする。