新令第三十二条の二第三項の規定は、施行日以後の同項に規定する商工組合の指定について適用し、同日前の当該商工組合の指定については、なお従前の例による。
2旧令第三十二条の二第三項の規定により指定された商工組合は、施行日以後においては新令第三十二条の二第三項に規定するその他の特定商工組合として指定されたものとみなす。
3新令第三十三条の四の規定は、法人の昭和四十一年三月三十一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第三十九条の五の規定は、法人の昭和四十三年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
改正法附則第十四条第二項の規定によりその効力を有するものとされる旧法第六十四条から第六十五条の三までの規定の適用を受ける法人の資産の譲渡に係る法人税については、旧令第三十九条の二から第三十九条の五までの規定は、なおその効力を有する。この場合において、昭和四十四年四月一日から同年十二月三十一日までの間にする資産の譲渡に係る法人税につき旧令第三十九条の五の規定の適用を受ける法人については、同条第三項中「収用換地等により譲渡した資産」とあるのは、「収用換地等により譲渡した資産（換地処分により土地等を譲渡して土地等又は土地等及び清算金を取得した場合には、当該譲渡した土地等のうち租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和四十四年政令第八十六号）附則第十一条第三項の規定により当該取得した土地等の価額に対応する部分とされる部分を除く。）」とする。
2改正法附則第十四条第三項の表の下欄に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、換地処分により取得した土地等（新法第六十四条第一項第三号に規定する土地等をいう。以下この条において同じ。）の価額が当該土地等の価額と当該土地等とともに取得した清算金の額との合計額のうちに占める割合（次項において「取得資産割合」という。）を、当該譲渡した土地等の譲渡直前の帳簿価額に乗じて計算した金額とする。
3改正法附則第十四条第三項の表の下欄に規定する政令で定める部分は、当該譲渡した土地等のうち、取得資産割合を当該譲渡した土地等の価額に乗じて計算した金額に相当する部分とする。
4改正法附則第十四条第四項の規定により新法第六十五条の四の規定の適用を受ける場合には、都市計画法の施行の日の前日までの間は、新令第三十九条の五第五項中「開発区域」とあるのは、「施行地区」とする。
5改正法附則第十四条第七項の規定によりその効力を有するものとされる旧法第六十五条の四から第六十五条の六までの規定の適用については、旧令第三十九条の六の規定は、なおその効力を有する。
6都市計画法の施行の日の前日までに取得をした資産につき新法第六十五条の六第三項の規定を適用する場合には、新令第三十九条の六第三項第二号中「同法第八条第一項第一号の用途地域に関する都市計画の定められた地域」とあるのは「建築基準法第四十八条第一項の規定により同項の用途地域として指定された地域」と、「同号」とあるのは「同項」とする。
改正法附則第十二条第一項の規定により旧法第四十二条の四の規定の例によるものとされる同条第一項に規定する特定の設備の廃棄をした場合については、旧令第二十七条の五の規定は、なおその効力を有する。
2改正法附則第十二条第三項の規定により旧法第四十二条の五の規定の例によるものとされる同条第一項に規定する政令で定める特定合併を行なつた場合については、旧令第二十七条の六第二項中「前条第一項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和四十五年政令第百七号）による改正前の租税特別措置法施行令第二十七条の五第一項」と、「法第四十二条の四第一項」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十五年法律第三十八号）による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧法」という。）第四十二条の四第一項」と、同条第三項中「法第四十二条の三第一項」とあるのは「旧法第四十二条の三第一項」として、同条の規定の例によるものとする。
新令第二十八条第十一項の規定は、法人が施行日以後にその事業の用に供する新法第四十三条第一項の表の第十二号に掲げる船舶及び航空機について適用する。
新令第三十二条の四第四項の規定は、法人が施行日以後に新法第五十六条第一項に規定する資源開発株式等を取得する場合について適用する。
改正法附則第十四条第一号イに規定する当該法人と特殊の関係にある者として政令で定める者は、次に掲げる者（当該法人が新令第三十八条の四第二項に規定する行為をした者である場合における当該行為に係る報酬の支払をする者を含むものとし、公募販売者に該当するものを除くものとする。）とする。
2前項に規定する公募販売者とは、次に掲げる者をいう。
3前項第二号に掲げる者が昭和四十九年三月三十一日までに当該土地等を公募の方法により譲渡しなかつた場合には、その者に当該土地等を譲渡した当該法人については、同日の翌日に当該譲渡をしたものとみなして、新法第六十三条の規定を適用する。
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
昭和四十九年十二月三十一日以前に行われた旧法第七十条の四の規定の適用に係る同条第一項に規定する農地等の贈与に係る贈与税については、旧令第四十条の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、当該贈与税で改正法附則第二十条第二項後段の規定の適用を受けるものに対する旧令第四十条の二の規定の適用については、同条第六項及び第十項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、同条第十一項中「受贈者につき」とあるのは「贈与者又は受贈者につき」と、「（当該受贈者」とあるのは「（当該贈与者又は当該受贈者」と、「贈与者又は当該受贈者」とあるのは「当該死亡した贈与者に係る受贈者又は当該死亡した受贈者に係る贈与者若しくは当該死亡した受贈者」と、「当該受贈者との続柄」とあるのは「当該死亡した贈与者又は当該死亡した受贈者との続柄」と、「当該受贈者の氏名」とあるのは「当該死亡した贈与者又は当該死亡した受贈者の氏名」と、「当該受贈者が」とあるのは「その」とし、同条第十二項の規定は適用がないものとする。
2改正法附則第二十条第二項の規定によりその効力を有するものとされる旧法第七十条の四第一項第一号に規定する政令で定める譲渡又は設定は、次項に定めるもののほか、同条第一項の規定の適用を受ける同項に規定する農地等の譲渡が租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第百五号）による改正後の租税特別措置法施行令（以下この条において「平成十四年新令」という。）第四十条の六第八項各号に掲げる場合に該当する場合におけるその譲渡又は当該農地等についての地上権、永小作権、使用貸借による権利若しくは賃借権の設定が同項第二号若しくは第三号に掲げる場合に該当する場合におけるその設定とする。ただし、当該旧法第七十条の四第一項第一号に規定する譲渡等があつた当該農地等に係る土地の面積に加算される当該譲渡等の時前の譲渡等に係る土地の面積を計算する場合におけるこの項の規定の適用については、平成十四年新令第四十条の六第八項第二号中「者が」とあるのは「者が現に」と、「常時従事者になる場合」とあるのは「常時従事者である場合」と、同項第三号中「共同利用する場合」とあるのは「現に共同利用している場合」とする。
3改正法附則第二十条第二項の規定によりその効力を有するものとされる旧法第七十条の四第一項本文の規定の適用を受ける同項に規定する受贈者（以下この条において「受贈者」という。）が農業者年金基金法（昭和四十五年法律第七十八号）の規定に基づく特例付加年金（農業者年金基金法の一部を改正する法律（平成十三年法律第三十九号）附則第八条第一項の経営移譲年金を含む。）の支給を受けるため旧法第七十条の四第一項の規定の適用を受ける同項に規定する農地及び採草放牧地（以下第五項までにおいて「農地等」という。）に係る当該同条第一項に規定する贈与者の死亡の日前に当該受贈者の推定相続人で平成十四年新令第四十条の六第十二項各号に掲げる要件に準ずる要件のすべてに該当する個人であることにつき財務省令で定めるところにより農業委員会（農業委員会等に関する法律（昭和二十六年法律第八十八号）第三条第一項ただし書又は第五項の規定により農業委員会を置かない市町村にあつては、市町村長）が証明した個人のうちの一人の者に対しこの項の規定の適用を受けようとする使用貸借による権利の設定の時の直前において当該受贈者が有する農地等で当該旧法第七十条の四第一項本文の規定の適用を受けているもののすべてについて当該使用貸借による権利の設定をした場合において、当該設定をしたこと及び当該受贈者が当該設定に関し平成十四年新令第四十条の六第十四項各号に掲げる要件に準ずる要件を満たしていることについての届出書が財務省令で定めるところにより、当該設定の日から二月を経過する日までに当該受贈者の納税地の所轄税務署長に提出されたときにおける当該設定は、当該旧法第七十条の四第一項第一号に規定する政令で定める設定とする。この場合においては、当該設定については、同項第二号及び同条第二項の規定は、適用がないものとする。
4前項の規定の適用を受ける使用貸借による権利の設定をした受贈者が当該設定をした後当該農地等を引き続きその推定相続人に使用させている場合における当該受贈者に係る改正法附則第二十条第二項の規定によりその効力を有するものとされる旧法第七十条の四第一項及び第二項並びに第一項の規定によりその効力を有するものとされる旧令第四十条の二第五項及び第十項の規定の適用については、次に定めるところによる。
5平成十四年新令第四十条の六第十五項第二号から第四号までの規定は、前項の受贈者に係る改正法附則第二十条第二項の規定によりその効力を有するものとされる旧法第七十条の四第一項及び第二項の規定の適用について準用する。この場合において、平成十四年新令第四十条の六第十五項第二号中「第十二項各号に掲げる要件に準ずる要件のすべてに該当する個人であることにつき財務省令で定めるところにより農業委員会が証明した個人」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十四年政令第百五号）による改正後の租税特別措置法施行令第四十条の六第十二項各号に掲げる要件に準ずる要件のすべてに該当する個人であることにつき財務省令で定めるところにより租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和五十年政令第六十号。以下「昭和五十年改正令」という。）附則第十一条第三項に規定する農業委員会が証明した個人」と、「第十三項」とあり、及び「法第七十条の四第五項」とあるのは「同項」と、同項第三号中「法第七十条の四第一項及び第三項」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十年法律第十六号）附則第二十条第二項の規定によりその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第七十条の四第一項及び第二項」と、「同条第六項各号」とあるのは「昭和五十年改正令附則第十一条第四項第一号及び第二号」と、同項第四号中「法第七十条の四第五項」とあるのは「昭和五十年改正令附則第十一条第三項」と読み替えるものとする。
6改正法附則第二十条第四項に規定する旧法の規定による農地等の贈与者が平成十二年四月一日以後に死亡した場合における当該贈与者の死亡による相続又は遺贈に係る相続税に対する租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第七十条の五の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句に、それぞれ読み替えるものとする。
7第三項又は第五項において準用する平成十四年新令第四十条の六第十五項第二号の規定により市町村が処理することとされている事務は、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
新令第三十八条の四の規定は、法人が施行日以後に新法第六十三条第一項に規定する土地の譲渡等をする場合について適用する。
新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新令第三十二条の二第四項の規定は、法人が施行日以後に取得する新法第五十五条第一項に規定する特定株式等又は施行日以後に締結する同条第二項に規定する特定海外工事契約に係る同項に規定する特定海外工事について適用し、法人が施行日前に取得した旧法第五十五条第一項に規定する特定株式等又は施行日前に締結した同条第二項に規定する特定海外工事契約に係る同項に規定する特定海外工事については、なお従前の例による。
2改正法附則第十五条第一項に規定する政令で定める株式（出資を含む。）又は債権は、法人の取得する株式（出資を含む。）又は債権のうち、新法第五十五条第三項第一号中「法人（製造業、建設業その他の政令で定める事業を主として営むことを目的とするものに限る。）」とあるのを「法人」と、新令第三十二条の二第六項第一号中「前項に規定する事業」とあるのを「その事業」としてこれらの規定を適用したならば新法第五十五条第一項に規定する特定株式等に該当することとなるものとする。
3改正法附則第十五条第二項に規定する政令で定める特定株式等は、旧法第五十五条第一項の表の第三号から第六号までに掲げる新増資資源株式等又は購入資源株式等とする。
4新令第三十二条の八の規定は、施行日以後に大蔵大臣が指定する同条第二項の工事について適用し、施行日前に大蔵大臣が指定した当該工事については、なお従前の例による。
5改正法附則第十五条第七項の規定によりその例によるものとされる旧法第五十六条の八の規定の適用については、旧令第三十二条の十一の規定の例による。
6法人が施行日から昭和五十四年三月三十一日までの間に開始する各事業年度において新法第五十六条の九第一項のプログラム保証準備金を積み立てる場合における新令第三十二条の十二の規定の適用については、同条第二項中「千分の五」とあるのは、「千分の十五」とする。
7改正法附則第十五条第八項に規定する法人が施行日以後最初に開始する事業年度において当該事業年度の直前の事業年度から繰り越された同項に規定する違約損失補償準備金の金額を有する場合における当該法人の施行日以後最初に開始する事業年度から当該事業年度開始の日以後十年を経過する日を含む事業年度までの各事業年度の当該違約損失補償準備金の金額の益金の額への算入については、旧法第五十七条の三第二項から第九項までの規定の例による。
8前項の規定によりその例によるものとされる旧法第五十七条の三第二項から第九項までの規定の適用については、旧令第三十三条の三第二項第一号中「当該事業年度及び当該事業年度開始の日」とあるのは「昭和五十三年三月三十一日を含む事業年度（以下この項において「改正直前年度」という。）及び改正直前年度開始の日」と、「百分の十二に相当する金額（当該金額が当該法人の昭和四十一年三月三十一日における同項第二号に規定する違約損失補償準備金の金額に相当する金額を超えるときは、当該違約損失補償準備金の金額に相当する金額）」とあるのは「百分の六に相当する金額に、百二十から改正直前年度の翌事業年度開始の日以後当該事業年度終了の日までの期間の月数（当該月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。次号において同じ。）に相当する数（その数が百二十を超えるときは、百二十）を控除した数を乗じこれを百二十で除して計算した金額」とし、同項第二号中「当該事業年度」とあるのは「改正直前年度」と、「百分の八十に相当する金額）」とあるのは「百分の八十に相当する金額）に、百二十から改正直前年度の翌事業年度開始の日以後当該事業年度終了の日までの期間の月数に相当する数（その数が百二十を超えるときは、百二十）を控除した数を乗じこれを百二十で除して計算した金額」として、同条の規定の例による。
9租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十四年法律第十五号）による改正後の租税特別措置法（第十項から第十二項まで及び第十四項において「昭和五十四年新法」という。）第五十七条の三第一項第一号から第八号までに掲げる法人の施行日から昭和五十五年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和五十四年政令第七十一号）による改正後の租税特別措置法施行令（第十項から第十二項まで及び第十四項において「昭和五十四年新令」という。）第三十三条の三第五項の規定の適用については、同項中「百分の六」とあるのは「百分の七・五」と、「百分の四（」とあるのは「百分の四（火災保険、積荷保険及び運送保険又は農家火災共済にあつては百分の四・五（昭和五十三年四月一日から昭和五十四年三月三十一日までの間に開始する事業年度については、百分の五）とし、」と、「については、百分の八」とあるのは「にあつては百分の九とする。」と、「百分の五」とあるのは「百分の六」とする。
10昭和五十四年新法第五十七条の三第一項第四号に掲げる法人の施行日から昭和五十五年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における昭和五十四年新令第三十三条の三第六項の規定の適用については、同項中「百分の六十五」とあるのは「百分の六十三・七五」と、「百分の二十」とあるのは「百分の二十二・五」と、「百分の八十五」とあるのは「百分の八十六・二五」と、「百分の百四十」とあるのは「百分の百三十九」と、「百分の十」とあるのは「百分の十一」とする。
11前項の規定により読み替えられた昭和五十四年新令第三十三条の三第六項の規定は、前項に規定する法人で同条第四項に規定するその他の風水害等共済（同条第二項第七号に規定する共済に係るものを除く。）又は生命共済付建物共済の事業を行うものの施行日から昭和五十五年三月三十一日までの間に開始する各事業年度におけるこれらの共済に係る昭和五十四年新法第五十七条の三第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額の計算について準用する。この場合において、前項の規定により読み替えられた昭和五十四年新令第三十三条の三第六項中次の表の上欄に掲げる字句は、当該その他の風水害等共済については同表の中欄に掲げる字句に、当該生命共済付建物共済については同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。
12昭和五十四年新法第五十七条の三第一項第四号から第八号までに掲げる法人で昭和五十四年新令第三十三条の三第二項第一号から第六号まで、第八号及び第九号に規定する共済の事業を行うものの施行日から昭和五十七年三月三十一日までの間に開始する各事業年度におけるこれらの共済に係る同条第十三項の規定の適用については、次の表の第一欄に掲げる事業年度の区分に応じ、同項第二号ロに掲げる百分の四十の割合は同表の第二欄に掲げる割合とし、同号ハに掲げる百分の六十の割合は同表の第三欄に掲げる割合とし、同号ニに掲げる百分の六十七・五の割合は同表の第四欄に掲げる割合とし、同号ホに掲げる百分の七十五の割合は同表の第五欄に掲げる割合とする。
13前項の規定の適用を受ける法人の昭和五十六年四月一日から昭和五十七年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における同項の規定の適用については、同項中「昭和五十四年新令第三十三条の三第二項第一号から第六号まで、第八号及び第九号」とあるのは、「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和五十六年政令第七十三号）による改正後の租税特別措置法施行令第三十三条の三第二項第一号、第二号、第四号、第六号から第八号まで、第十号及び第十一号」とする。
14旧法第五十七条の四第一項の異常危険準備金を積み立てている法人の施行日以後最初に開始する事業年度の直前の事業年度終了の日における同項の異常危険準備金の金額（同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額に限るものとし、当該金額のうちに既に同条第六項から第九項まで又は第十一項の規定により益金の額に算入されるべきこととなつた金額がある場合には、当該金額を控除した金額）のうち自動車保険等（旧令第三十三条の四第二項第六号に掲げる保険をいう。次項において同じ。）又は自動車共済等（同条第二項第十号に掲げる共済をいう。次項において同じ。）に係るものの益金の額への算入については、なお従前の例による。
15昭和五十四年新法第五十七条の三第一項第一号から第八号までに掲げる法人（施行日において現に存する法人に限る。）が当該法人の施行日から昭和五十五年三月三十一日までの間に開始する各事業年度において自動車保険等（昭和五十四年新令第三十三条の三第三項第四号から第七号までに掲げる風水害保険、動産総合保険、建設工事保険及び賠償責任保険に該当するものを除く。）又は自動車共済等に係る異常危険準備金の金額を積み立てる場合におけるその積立限度額の計算及び当該各事業年度においてこれらの保険又は共済につき積み立てた異常危険準備金の金額の益金の額への算入については、旧令第三十三条の四の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第四項第三号中「百分の一」とあるのは、「千分の七・五」とする。
新令第二十八条の二に規定する法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。次項において同じ。）をした旧法第四十四条第一項に規定する公害防止施設をその事業の用に供した場合における当該公害防止施設の償却限度額の計算については、なお従前の例による。
2新令第二十八条の三第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をしてその事業の用に供する新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等をその事業の用に供した場合については、なお従前の例による。
3新令第二十八条の四第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をしてその事業の用に供する同項に規定する機械及び装置について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧令第二十八条の四第二項に規定する機械及び装置については、なお従前の例による。
4新令第二十八条の八第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする同条第一項に規定する貸家住宅について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧令第二十八条の七第一項に規定する貸家住宅については、なお従前の例による。
5新令第二十九条の二第二項の規定は、法人が施行日以後に取得（改良を含む。）又は建設をして同項の拡大造林の用に供する同項に規定する構築物について適用し、法人が施行日前に当該取得又は建設をした旧令第二十九条の二第二項に規定する構築物を同項の拡大造林の用に供した場合については、なお従前の例による。
新令第二十六条の三の規定は、居住者が昭和五十六年一月一日以後に締結する新法第四十一条の三第一項に規定する財形住宅貯蓄契約について適用し、居住者が同日前に締結した改正法による改正前の租税特別措置法（以下「旧法」という。）第四十一条の三第一項に規定する住宅貯蓄契約については、なお従前の例による。
2新令第二十六条の五及び第二十六条の六第八項から第十一項までの規定は、新法第四十一条の三第三項に規定する住宅貯蓄契約に係る昭和五十六年分以後の所得税について適用し、旧法第四十一条の三第一項に規定する住宅貯蓄契約に係る昭和五十五年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第三十九条の二十一の規定は、法人の施行日以後に支出する新法第六十六条の十二第一項に規定する負担金について適用し、法人の施行日前に支出した旧法第六十六条の十二第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。
新令第二十六条の十三第二項（新令第二十六条の十四第四項において準用する場合を含む。次項において同じ。）の規定は、施行日以後に行う新法第四十一条の十二第五項及び第六項の規定による還付について適用する。
2租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十五年法律第九号。以下この項において「昭和五十五年改正法」という。）附則第十五条の規定によりなお従前の例によることとされる昭和五十五年改正法による改正前の租税特別措置法第四十一条の十二第五項及び第六項の規定による還付をすべき金額に係る旧令第二十六条の十三第二項（旧令第二十六条の十四第四項において準用する場合を含む。）に規定する控除については、施行日以後においては、新令第二十六条の十三第二項の規定の例による。
新令第二十七条の四第一項第八号の規定は、法人が附則第一条第一号に定める日以後に支出する新令第二十七条の四第一項第八号に規定する負担金について適用する。
新令第二十五条の十四の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度の決算に基づく所得の金額の計算について適用し、旧令第二十五条の十四第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度の決算に基づく所得の金額の計算については、なお従前の例による。
新令第二十八条の四第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項及び附則第十七条において同じ。）をしてその事業の用に供する新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等をその事業の用に供した場合については、なお従前の例による。
2改正法附則第十六条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十五条の三の規定の適用については、旧令第二十八条の六の規定は、なおその効力を有する。
新令第二十八条の四第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条及び附則第十七条において同じ。）をしてその事業の用に供する新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等をその事業の用に供した場合については、なお従前の例による。
新令第四十条の二第一項第二号の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得した財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
新令第三章の規定は、別段の定めがある場合を除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
新令第二十七条の六第五項の規定は、法人が施行日以後に賃借をしてその事業の用に供する新法第四十二条の六第三項に規定する電子機器利用設備について適用し、法人が施行日前に賃借をした旧法第四十二条の六第三項に規定する電子機器利用設備をその事業の用に供した場合については、なお従前の例による。
改正法附則第二十条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十四条の規定に基づく旧令第三十二条の規定は、なおその効力を有する。
2新令第三十二条の二第一項及び第六項の規定は、施行日以後のこれらの規定に規定する認定について適用し、施行日前の旧令第三十二条の二第一項及び第六項に規定する認定については、なお従前の例による。
3改正法附則第二十条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十六条の規定に基づく旧令第三十二条の十の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「大蔵大臣」とあるのは、「財務大臣」とする。
4改正法附則第二十条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十六条の六の規定に基づく旧令第三十二条の十五の規定は、なおその効力を有する。
5改正法附則第二十条第八項の規定により読み替えられた新法第五十七条の三第一項第二号並びに改正法附則第二十条第六項第一号及び第二号ロ並びに第七項第二号に規定する政令で定める金額は、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額とする。
改正法附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第八十一条第二項の規定に基づく旧令第四十四条の規定は、なおその効力を有する。
新令第十八条の三第三項第十七号の規定は、個人が施行日以後に支出する新法第二十八条の二第一項に規定する負担金について適用する。
新令第二十八条第一項及び第九項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下第三項までにおいて同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第一号及び第六号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第一号及び第六号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2新令第二十八条の五第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十四条第一項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。
3新令第二十八条の十四第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
4新令第二十八条の十五第一項及び第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をするこれらの規定に規定する減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧令第二十八条の十五第一項及び第三項に規定する減価償却資産については、なお従前の例による。
新令第三十二条の二第二項の規定は、法人が施行日以後に取得する新法第五十五条第一項に規定する特定株式等について適用し、法人が施行日前に取得した旧法第五十五条第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。
2改正法附則第十六条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十六条の二の規定に基づく旧令第三十二条の十の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「大蔵大臣」とあるのは、「財務大臣」とする。
新令第二十五条の八第十項の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が施行日以後に行う新法第三十七条の十第三項第六号に掲げる特定株式投資信託の受益証券の譲渡について適用する。
2新令第二十五条の九第二項及び第四項の規定は、個人が施行日以後に行う新法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等の譲渡について適用する。
新令第三十八条の三第十三項の規定は、法人が施行日以後に事業の用に供する建物又は構築物に係る新法第六十二条の二第一項に規定する新規取得土地等（次項において「新規取得土地等」という。）について適用し、法人が施行日前に事業の用に供した建物又は構築物に係る旧法第六十二条の二第一項に規定する新規取得土地等については、次項に定める場合を除き、なお従前の例による。
2法人の施行日前に事業の用に供した建物又は構築物（旧令第三十八条の三第十三項第一号又は第二号に掲げる建物又は構築物に該当せず、かつ、施行日においてその負債利子損金不算入期間（新法第六十二条の二第三項第二号に規定する負債利子損金不算入期間をいう。以下この条において同じ。）の末日が到来していない新規取得土地等に係るものに限る。）が新令第三十八条の三第十三項第一号又は第二号に掲げる建物又は構築物に該当するものである場合における当該建物又は構築物に係る新規取得土地等の負債利子損金不算入期間の末日は、施行日の前日とする。
新令第二十七条の七第一項、第二項、第十三項及び第十五項の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
新令第二十七条の四第二項第十三号の規定は、法人が食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法の施行の日以後に支出する同号に規定する負担金について適用する。
新令第二十六条の七第六項の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に新法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の特定譲渡をする場合について適用し、個人が同日前に旧法第四十一条の五第三項第一号に規定する譲渡資産の特定譲渡をした場合については、なお従前の例による。
新令第二十七条の五第九項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等については、なお従前の例による。
新令第二十七条の四第二項及び第七項から第十三項までの規定は、平成十三年四月一日以後に合併、分割、現物出資又は事後設立（法人税法第二条第十二号の六に規定する事後設立をいう。以下同じ。）が行われる場合について適用し、同日前に合併、現物出資又は事後設立が行われた場合については、なお従前の例による。
2法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第二項第六号に規定する負担金については、なお従前の例による。
個人が施行日前に旧法第三十七条第一項の表の第七号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得（建設及び製作を含む。以下この条において同じ。）をした旧令第二十五条第十三項第二号の二に掲げる区域（以下この条において「旧区域」という。）に係る同表の第七号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をする旧区域に係る同欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
改正法附則第二十九条第四項第一号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同号に規定する創業中小企業投資損失準備金の金額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合を乗じて計算した金額とする。
2改正法附則第二十九条第三項に規定する投資育成会社（以下この条において「投資育成会社」という。）が同項に規定する前連結事業年度等（以下この項及び第四項において「前連結事業年度等」という。）から繰り越された創業中小企業投資損失準備金の金額（前連結事業年度等の終了の日までに同条第三項又は第四項の規定により益金の額に算入された金額（改正法第三条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条の四第三項又は同条第二項において準用する同法第五十五条第三項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。）を有する場合において、当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を被合併法人とする適格合併が行われ、かつ、当該適格合併に係る合併法人が被出資会社（当該適格合併直前において、当該投資育成会社がその株式を中小企業投資育成株式会社法（昭和三十八年法律第百一号）第五条第一項第一号から第三号までに掲げる事業として保有している株式会社をいう。次項において同じ。）であるときは、当該投資育成会社の当該適格合併の日における被合併法人である特定会社に係る創業中小企業投資損失準備金の金額で前連結事業年度等から繰り越されたものは、当該適格合併後においては、当該合併法人に係る創業中小企業投資損失準備金の金額とみなして、改正法附則第二十九条第三項及び第四項の規定を適用する。
3前項に規定する創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を被合併法人とする適格合併が行われた場合において、当該適格合併に係る合併法人が被出資会社でないときにおける当該創業中小企業投資損失準備金の金額を有する投資育成会社に対する改正法附則第二十九条第四項の規定の適用については、当該投資育成会社が当該適格合併直前において被合併法人である特定会社の株式を有しないこととなったものとみなして、同項第一号の規定を適用する。
4投資育成会社が前連結事業年度等から繰り越された創業中小企業投資損失準備金の金額を有する場合において、当該創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を分割法人とする適格分割型分割が行われ、かつ、当該適格分割型分割に係る分割承継法人が被出資会社（分割型分割直前において、当該投資育成会社がその株式を中小企業投資育成株式会社法第五条第一項第一号から第三号までに掲げる事業として保有している株式会社をいう。以下この条において同じ。）であるときは、当該投資育成会社の当該適格分割型分割の日における分割法人である特定会社に係る創業中小企業投資損失準備金の金額のうち当該創業中小企業投資損失準備金の金額に第一号に掲げる金額のうちに第二号に掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額に相当する金額は、当該適格分割型分割後においては、当該分割承継法人に係る創業中小企業投資損失準備金の金額とみなして、改正法附則第二十九条第三項及び第四項の規定を適用する。
5前項に規定する創業中小企業投資損失準備金に係る特定会社を分割法人とする分割型分割が行われた場合において、次の各号に掲げる事実があるときにおける当該創業中小企業投資損失準備金の金額を有する投資育成会社に対する改正法附則第二十九条第四項の規定の適用については、当該各号に定めるところによる。
6改正法附則第二十九条第三項又は第四項の規定の適用がある場合において、投資育成会社の新法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、改正法附則第二十九条第三項又は第四項の規定により益金の額に算入される金額は、新法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属益金額に含まれるものとする。
改正法附則第七十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第二十条の二の規定に基づく旧令第十二条の二の規定は、なおその効力を有する。
新令第二十五条の十の五の規定は、施行日以後に同条第一項に規定する出国をする場合について適用する。
平成十七年四月一日から平成二十一年五月三十一日までの間は、新法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座（以下この条において「特定口座」という。）に係る同項第二号ハに規定する政令で定める上場株式等は、新令第二十五条の十の二第十五項各号に掲げるもののほか、当該特定口座を開設する新法第三十七条の十一の三第一項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が有する新法第三十七条の十一の三第二項に規定する上場株式等（新法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する金融商品取引業者等（以下この条において「金融商品取引業者等」という。）の営業所（新令第二十五条の十の二第六項に規定する営業所をいう。以下この条において同じ。）に係る社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号）に規定する振替口座簿に記載又は記録がされているもの及び金融商品取引業者等の営業所に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有価証券の保管の委託に係る口座に保管の委託がされているものを除く。以下この条において「特例上場株式等」という。）とする。
2平成十七年四月一日から平成二十一年五月三十一日までの間に、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同項の特定口座に特例上場株式等の保管の委託をしようとする場合には、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、特例上場株式等を当該特定口座に保管の委託をする旨、保管の委託をする特例上場株式等の種類、銘柄、数その他財務省令で定める事項を記載した書類を当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に提出しなければならない。
3特定口座への特例上場株式等の受入れ後に当該特例上場株式等と同一銘柄の新法第三十七条の十一の三第二項に規定する上場株式等の譲渡をした場合における譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる当該特例上場株式等の取得価額及び当該特例上場株式等の取得の日の判定については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。
4特定口座において処理された特例上場株式等の前項に規定する売上原価又は取得費の額の計算の基礎となる取得価額及び取得の日が同項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日と異なる場合には、当該特定口座を開設する金融商品取引業者等の営業所の所在地の所轄税務署長がその異なることについて当該営業所の長の責めに帰すべき理由があると認める場合を除き、当該特定口座において租税特別措置法第三十七条の十一の四第一項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額又は同条第三項に規定する満たない部分の金額若しくは特定費用の金額として計算された金額は、当該特例上場株式等の前項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める取得価額及び取得の日を基礎として計算されたものとみなす。
5前項に規定する異なる場合において、その異なることにより所得税の負担を減少させる結果となるときは、当該特定口座に係る新法第三十七条の十一の五第一項各号に掲げる金額については、同条の規定は適用しない。
6第二項の特例上場株式等の受入れに関する記録並びに当該記録及び当該受入れに関する書類の保存に関し必要な事項は、財務省令で定める。
新令第二十五条の八第三項の規定は、個人が会社法施行日以後に同項第一号又は第二号に掲げる事由により交付を受ける同項第一号に規定する金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額又は同項第二号に規定する金銭の額について適用する。
2新令第二十五条の八第六項第四号の規定は、法人が会社法施行日以後に行う同号に掲げる事由による取得について適用し、法人が会社法施行日前に行った旧令第二十五条の八第六項第四号に掲げる事由による取得については、なお従前の例による。
3法人が会社法施行日以後に行う会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十七年法律第八十七号）第八十六条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる端株の同法第六十四条の規定による改正前の商法（明治三十二年法律第四十八号）第二百二十条ノ六第一項の規定による買取りによる取得は、新令第二十五条の八第六項第四号に掲げる買取りによる取得とみなす。
個人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。次項において同じ。）をした旧令第五条の十第一項第二号に掲げる機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。
2新令第六条の三第二項の規定は、個人が附則第一条第九号に定める日以後に取得等をする同項第一号に掲げる機械その他の減価償却資産について適用し、個人が同日前に取得等をした旧令第六条の三第二項に規定する機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。
3改正法附則第七十条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十三条の三の規定に基づく旧令第六条の十の規定は、なおその効力を有する。
4改正法附則第七十条第十七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十四条（第二項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第七条の規定は、なおその効力を有する。
5新令第七条の二第二項第二号の規定は、個人が施行日以後に取得又は新築をする新法第十四条の二第二項第一号に掲げる建築物について適用し、個人が施行日前に取得又は新築をした旧法第十四条の二第二項第一号に掲げる建築物については、なお従前の例による。
6旧令第七条の二第四項第二号に掲げる個人が施行日前に取得又は新築をした同項に規定する耐火建築物については、なお従前の例による。
7旧令第七条の二第六項第二号に掲げる個人が施行日前に取得又は新築をした同項に規定する耐火建築物については、なお従前の例による。
新令第五条の八第一項の規定は、平成二十年分以後の所得税について適用し、平成十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。この場合において、平成二十年分の所得税に係る同項の規定の適用については、次項の規定の適用を受ける場合を除き、同条第一項中「七十万円」とあるのは、「三百万円」とする。
2個人が、平成二十年四月一日から同年十二月三十一日までの期間（以下この項において「経過期間」という。）内に、新法第十条の六第一項に規定する情報基盤強化設備等を取得し、又は製作して、これを同項に規定する事業の用に供した場合において、当該経過期間内における当該情報基盤強化設備等の取得価額の合計額（以下この項において「適用対象投資額」という。）が七十万円以上であるとき（平成二十年における適用対象投資額が三百万円以上である場合を除く。）は、当該経過期間を同条第一項に規定する指定期間とみなして、同条及び新令第五条の八第一項の規定を適用する。
新令第二十五条の八第九項の規定は、施行日以後の新法第三十七条の十第四項第一号に規定する公募株式等証券投資信託の終了又は一部の解約について適用し、施行日前の旧法第三十七条の十第四項第一号に規定する公募株式等証券投資信託の終了又は一部の解約については、なお従前の例による。
改正法附則第五十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十条の六の規定に基づく旧令第五条の八の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第四項中「法第十条第一項」とあるのは「現下の厳しい経済状況及び雇用情勢に対応して税制の整備を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第八十二号）第十七条の規定による改正後の租税特別措置法第十条第一項」と、「第十条の三第三項」とあるのは「第十条の二の三第三項及び第四項、第十条の三第三項」と、「第四十一条第一項、第四十一条の十八第二項」とあるのは「第十条の六第一項、第四十一条第一項、第四十一条の十八第二項、第四十一条の十八の二第二項、第四十一条の十八の三第一項」と、「規定を」とあるのは「規定並びに東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第八条第二項の規定を」と、「同法」とあるのは「所得税法」とする。
2改正法附則第五十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第十条の六の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十三年政令第百九十九号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第五条の三から第五条の八までの規定の適用については、同令第五条の三第二項、第五条の四第十二項、第五条の四の二第八項、第五条の五第八項、第五条の六第八項、第五条の七第三項及び第五条の八第五項中「規定を」とあるのは「規定並びに所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第五十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十八条の規定による改正前の租税特別措置法第十条の六第三項又は第四項の規定を」と、「同法」とあるのは「所得税法」とする。
新令第二十五条の十三第九項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十六年一月一日以後に行われる同号に規定する株式無償割当て又は新株予約権無償割当てにより取得する同号に規定する上場株式等について適用する。
2新令第二十五条の十三第九項（第九号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十六年一月一日以後に生ずる同号に規定する事由により取得する同号に規定する上場株式等について適用する。
改正法附則第六十五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の六（第三項から第七項まで及び第十一項から第十六項までに係る部分に限る。）の規定に基づく旧令第三十二条の四の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第十二項中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
2改正法附則第六十五条第二項の規定を適用する場合において、同項に規定する法人が同項に規定する中小企業者（以下この条において「中小企業者」という。）に該当するかどうかの判定は、平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日の現況による。
3前項の場合において、同項の最初に開始する事業年度が所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（次項において「令和二年旧措置法」という。）第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度（以下この条において「連結事業年度」という。）に該当するときは、当該連結事業年度開始の日において改正法附則第八十二条第二項に規定する中小連結法人（以下この条において「中小連結法人」という。）に該当する法人は、中小企業者に該当するものとして改正法附則第六十五条第二項の規定を適用する。
4改正法附則第六十五条第二項の規定の適用を受ける法人（改正法附則第八十二条第二項の規定の適用を受ける令和二年旧措置法第二条第二項第十号の六に規定する連結法人を含む。以下この条において「適用法人」という。）が適格合併、適格分割又は適格現物出資（以下この項において「適格合併等」という。）により改正法附則第六十五条第四項に規定する準備金設定資産（第七項及び第十項において「準備金設定資産」という。）を移転した場合における同条第十項、第十四項又は第十八項の規定により読み替えられた同条第二項の規定の適用については、当該適格合併等に係る合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人（以下この条において「合併法人等」という。）が中小企業者に該当するかどうかの判定は当該適格合併等の日の現況によるものとし、当該適格合併等に係る合併法人等が平成二十四年四月一日後に設立されたものであるときにおける改正法附則第六十五条第十項、第十四項又は第十八項の規定により読み替えられた同条第二項に規定する経過期間は当該適格合併等に係る適用法人の同日以後最初に開始する事業年度（同日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）開始の日から当該適格合併等の日の前日までの期間とする。
5平成二十四年四月一日以後に開始する事業年度において旧法第五十七条の八第十二項において準用する旧法第五十五条第十一項に規定する適格合併又は旧法第五十七条の八第十三項若しくは第十五項に規定する適格分割若しくは適格現物出資（以下この項において「適格合併等」という。）によりこれらの規定に規定する特別修繕準備金の金額の引継ぎを受けた場合には、改正法附則第六十五条第八項、第十一項及び第十五項の規定の適用については、当該適格合併等に係る被合併法人、分割法人又は現物出資法人は適用法人とみなす。
6改正法附則第六十五条第二項の規定の適用を受ける法人で中小企業者に該当するもの（中小連結法人に該当するものを含む。）が、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、当該各号に定める事業年度終了の日において有する特別修繕準備金の金額（同条第三項に規定する特別修繕準備金の金額をいう。以下この項において同じ。）は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合において、第二号に掲げる場合に該当するときは、当該特別修繕準備金の金額については、第八項から第十項までの規定は、適用しない。
7適用法人が適格合併、適格分割又は適格現物出資（以下この項及び第十項において「適格合併等」という。）により準備金設定資産を移転した場合において、当該適格合併等に係る合併法人等の当該適格合併等の日を含む事業年度が当該合併法人等の平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度（同日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には当該連結事業年度とし、当該合併法人等が同日後に設立されたものである場合には当該適格合併等に係る適用法人の同日以後最初に開始する事業年度とする。）開始の日以後四年を経過する日を含む事業年度（当該事業年度開始の日以後四年を経過する日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）後の各事業年度に該当する場合における改正法附則第六十五条第八項から第十八項までの規定の適用については、同条第九項、第十三項及び第十七項中「がその」とあるのは「が、その」と、「できる者」とあるのは「できる者又はその日において中小企業者に該当する者」とする。
8改正法附則第六十五条第二項の規定又は第六項（同項第一号に掲げる場合に該当する場合に限る。）の規定の適用を受ける法人が、平成二十四年四月一日以後最初に開始する事業年度（同日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）開始の日以後三年（当該法人が、同年四月一日以後最初に開始する事業年度開始の日において中小企業者に該当する場合（同年四月一日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日において中小連結法人に該当する場合）には、九年）を経過する日までに青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日。以下この項及び次項において同じ。）を含む事業年度から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度の所得の金額の計算上、当該事実のあった日又は届出書の提出をした日における同条第五項に規定する特別修繕準備金の金額のうち、当該金額に当該事業年度の月数を乗じてこれを二十四で除して算出した金額（当該金額が当該事業年度終了の日における特別修繕準備金の金額（その日までにこの項から第十項までの規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなった金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下第十項までにおいて同じ。）を超える場合には、当該特別修繕準備金の金額）に相当する金額は、益金の額に算入する。
9前項に規定する場合において、同項に規定する事実のあった日又は届出書の提出をした日を含む事業年度開始の日から改正法附則第六十五条第五項に規定する二年経過日までの期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当するときは、当該期間内に最初に開始した連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度終了の日における特別修繕準備金の金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
10第八項に規定する場合において、同項に規定する法人が次の各号に掲げる場合（適格合併等により準備金設定資産を移転した場合を除く。）に該当することとなったときは、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなった日を含む事業年度（第二号に掲げる場合にあっては、合併の日の前日を含む事業年度）の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
11第八項の月数は、暦に従って計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。
改正法附則第二十一条第二項の規定により旧法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区を新法第四十二条の九第一項の表の第二号の第一欄に掲げる地区とみなして同条の規定を適用する場合における同項に規定する政令で定める期間は、新令第二十七条の九第一項第二号の規定にかかわらず、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十三号）による改正後の沖縄振興特別措置法（平成十四年法律第十四号）第二十八条第一項の規定による指定があった場合には、その指定があった日の前日）までの期間とする。
2改正法附則第二十一条第三項の規定により新法第四十二条の九第一項の表の第四号の第一欄に掲げる地区とみなされる地域において同号の第二欄に掲げる事業の用に供する設備の新設又は増設をする場合における新令第二十七条の九第一項（第四号に係る部分に限る。）の規定の適用については、施行日を同項第四号に規定する指定の日とみなす。
新令第二十五条の十の十一第一項後段の規定は、施行日以後に同項に規定する特定口座源泉徴収選択届出書を提出する場合について適用する。
平成二十五年六月一日から同年十二月三十一日までの間における新令第二十六条第二十項から第二十二項までの規定の適用については、これらの規定中「第四十一条第十項」とあるのは、「第四十一条第五項」とする。
新令第二十五条の十三第二十三項（同条第二十項の申請書に係る部分に限る。）の規定は、平成二十七年一月一日以後に提出する同条第二十項の申請書について適用する。
2改正法附則第六十一条第四項の承認を受けようとする同項に規定する金融商品取引業者等の営業所の長は、その名称及び所在地、同項に規定する提供事項を提供しようとする税務署長その他の財務省令で定める事項を記載した申請書を、施行日から平成二十六年十二月三十一日までの間に、同項に規定する所轄税務署長に提出しなければならない。
3前項の所轄税務署長は、同項の申請書の提出があった場合において、その申請につき承認をし、又は承認をしないこととしたときは、その申請をした者に対し、その旨を書面により通知するものとする。
4施行日から平成二十六年十二月三十一日までの間に旧令第二十五条の十三第二十項の申請書又は第二項の申請書の提出があった場合において、その申請書の提出の日から二月を経過する日までにその申請につき承認をし、又は承認をしないこととした旨の通知がなかったときは、同日においてその承認があったものとみなす。
5平成二十七年一月一日前に旧法第三十七条の十四第五項第一号に規定する非課税口座を廃止した居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者で、当該非課税口座に係る新法第三十七条の十四第五項第五号に規定する非課税口座廃止通知書（以下この条において「非課税口座廃止通知書」という。）の交付を受けようとするものは、その旨その他財務省令で定める事項を記載した申請書（以下この条において「非課税口座廃止通知書交付申請書」という。）を、同日から平成二十九年九月三十日までの間に、一回に限り、当該非課税口座が開設されていた同項第一号に規定する金融商品取引業者等の営業所の長（以下この条において「金融商品取引業者等の営業所の長」という。）に提出することができる。
6新法第三十七条の十四第十九項の規定は、非課税口座廃止通知書交付申請書の提出を受けた金融商品取引業者等の営業所の長について準用する。この場合において、同項中「非課税口座廃止届出書の提出を受けた金融商品取引業者等」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第十一条第五項に規定する非課税口座廃止通知書交付申請書（以下この項において「非課税口座廃止通知書交付申請書」という。）の提出を受けた金融商品取引業者等」と、「当該非課税口座廃止届出書」とあるのは「当該非課税口座廃止通知書交付申請書」と、「、非課税口座廃止届出書」とあるのは「、非課税口座廃止通知書交付申請書」と、「営業所の長は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるときに限り」とあるのは「営業所の長は」と読み替えるものとする。
7新法第三十七条の十四第二十三項に規定する所轄税務署長の承認を受けた金融商品取引業者等の営業所の長は、前項において準用する同条第十九項の規定にかかわらず、同項に規定する方法により、同項に規定する廃止届出事項を同条第二十三項に規定する財務省令で定める税務署長に提供することができる。同項後段の規定は、この場合について準用する。
8第五項の規定により金融商品取引業者等の営業所の長が非課税口座廃止通知書交付申請書の提出を受けた場合における新令第二十五条の十三の六の規定の適用については、同条第四項中「第十九項」とあるのは「第十九項（租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第十一条第六項において準用する場合を含む。）」と、同条第五項中「その他」とあるのは「、租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）附則第十一条第五項に規定する非課税口座廃止通知書交付申請書その他」とする。
改正法附則第六十一条第二項の規定により読み替えられた新法第十条の五第一項に規定する所得税の額として政令で定める金額は、前条第一項に規定する計算した金額とする。
居住者が旧法第四十一条第十三項に規定する増改築等（旧令第二十六条第二十六項の規定により読み替えられた同条第二十五項第六号に掲げる工事に係るものに限る。）をした家屋（当該増改築等をした部分に限る。）を平成二十八年一月一日前に旧法第四十一条第一項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
新令第二十五条の十の五第三項（第五号の二に係る部分に限る。）の規定は、同号に規定する法人の同号に規定する株式分配で施行日以後に行われるものにより同号の出国口座に受け入れる同号に規定する完全子法人の同号に規定する株式について適用する。
新令第二十五条の十三の二第一項の規定は、施行日以後に提出する同項に規定する非課税口座異動届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十三の二第一項に規定する非課税口座異動届出書については、なお従前の例による。
2平成二十八年一月一日前に平成二十五年旧法第三十七条の十四第五項第一号に規定する非課税口座開設届出書の同号に規定する提出をして同号に規定する非課税口座を開設した同号の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（番号利用法整備法第八条第五項の規定による告知をしていない者に限る。以下この項において「番号未告知者」という。）が、施行日から番号利用法整備法第八条第五項に規定する経過日以後最初に当該非課税口座における租税特別措置法第三十七条の十四第一項に規定する非課税口座内上場株式等の譲渡又は当該非課税口座への同法第九条の八に規定する配当等の受入れをする日（同日において個人番号を有しない者にあっては、番号通知日の属する年の翌年一月三十一日）までの間に、最初に当該番号未告知者の氏名又は住所の変更をした場合における租税特別措置法施行令第二十五条の十三の二第一項の規定の適用については、同項中「書類（その者の氏名又は住所の変更をした場合にあつては、当該書類又はその者の変更前の氏名若しくは住所及び変更後の氏名若しくは住所を証する住民票の写しその他の財務省令で定める書類。以下この項において「本人確認等書類」という。）」とあるのは「書類」と、「当該本人確認等書類」とあるのは「当該書類」とする。
新令第二十五条の十三の八第三項の規定は、施行日以後に行う同項に規定する電磁的方法による提供について適用し、施行日前に行った旧令第二十五条の十三の八第三項に規定する電磁的方法による提供については、なお従前の例による。
2施行日から令和四年十二月三十一日までの間における新令第二十五条の十三の八第十二項の規定の適用については、同項第五号中「十八歳」とあるのは、「二十歳」とする。
3令和五年一月一日において、新令第二十五条の十三の八第十二項第五号に規定する出国移管依頼書の同号に規定する提出をした者が十九歳又は二十歳である場合には、その者を同日において十八歳である者とみなして、同号の規定を適用する。
4施行日から附則第一条第九号に定める日の前日までの間における新令第二十五条の十三の八第二十項の規定の適用については、同項の表第二十五条の十三第六項の項中「特定新株予約権」とあるのは、「特定新株予約権等」とする。
5新令第二十五条の十三の八第二十項において準用する新令第二十五条の十三の六第五項の規定は、施行日以後に受理する新令第二十五条の十三の八第八項に規定する書面について適用し、施行日前に受理した旧令第二十五条の十三の八第八項に規定する書面については、なお従前の例による。
新令第二十五条の九の二第八項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する特定管理口座開設届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の九の二第八項に規定する特定管理口座開設届出書については、なお従前の例による。
2旧令第二十五条の九の二第九項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が施行日前に行った同項に規定する電磁的方法による提供については、なお従前の例による。
新令第二十五条の十九第三項第二号の規定は、居住者が令和四年一月一日以後に納付することとなる同号に規定する剰余金の配当等の額に係る同号に規定する外国所得税の額について適用し、居住者が同日前に納付することとなった旧令第二十五条の十九第三項第二号に規定する剰余金の配当等の額を課税標準として課される同号に規定する外国所得税の額については、なお従前の例による。
新令第二十六条の二十八の二（第六項第七号ロに掲げる施設に係る部分に限る。）の規定は、租税特別措置法施行令第二十六条の二十八の二第一項第二号若しくは第三号又は第二項第一号若しくは第二号に掲げる法人の同条第一項第二号イ（２）若しくは第三号イ（２）又は第二項第一号イ（２）若しくは第二号イ（２）に掲げる要件に係る附則第一条第八号に定める日以後に終了する各事業年度における同令第二十六条の二十八の二第六項第五号に規定する判定基準寄附者（以下この条において「判定基準寄附者」という。）の数について適用し、これらの法人のこれらの要件に係る同日前に終了した各事業年度における判定基準寄附者の数については、なお従前の例による。
新令第三十九条の十の二第四項の規定は、令和五年十月一日以後に行われる株式交付について適用し、同日前に行われた株式交付については、なお従前の例による。
新令第二十七条の十一の三の規定は、施行日以後に新法第四十二条の十一の三第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項又は同条第二項に規定する認定を受ける法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下附則第十六条までにおいて同じ。）が取得又は建設をする当該認定に係る新法第四十二条の十一の三第一項又は第二項に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等について適用し、施行日前に旧法第四十二条の十一の三第一項に規定する地方活力向上地域等特定業務施設整備計画について同項又は同条第二項に規定する認定を受けた法人が取得又は建設をする当該認定に係るこれらの規定に規定する認定地方活力向上地域等特定業務施設整備計画に記載された同条第一項に規定する特定建物等については、なお従前の例による。
新令第二十六条の二十七の二第二項の規定により読み替えられた所得税法施行令第三百十九条の十二の規定及び新令第二十六条の二十七の規定は、令和八年一月一日以後に支払うべき公的年金等について適用し、同日前に支払うべき公的年金等については、なお従前の例による。
新令第二十六条の七第六項の規定は、個人が令和八年一月一日以後に行う新法第四十一条の五第七項第一号に規定する譲渡資産の同号に規定する特定譲渡に係る同号に規定する買換資産について適用し、個人が同日前に行った旧法第四十一条の五第七項第一号に規定する譲渡資産の同号に規定する特定譲渡に係る同号に規定する買換資産については、なお従前の例による。