法第十四条ただし書の国土交通省令の定める場合は、次のとおりとする。
2前項第三号の場合においては、その旨を附近にある船舶に通報し、かつ、他の船舶が救助に赴いていることが明らかでないときは、遭難船舶の位置その他救助のために必要な事項を海上保安機関又は救難機関（日本近海にあつては、海上保安庁）に通報しなければならない。
第四十八条の二第一項第一号の規定により所轄地方運輸局長が指定する船舶のうち、離島航路整備法（昭和二十七年法律第二百二十六号）第二条第二項に規定する離島航路事業に従事する船舶その他の船舶（十二人を超える旅客定員を有する小型船又は旅客定員十二人以下の船舶で海上運送法第二条第十三項に規定する自動車航送に従事する小型船に限る。）であつて、その運航の維持を図ることにより旅客の利便を確保するためには、当該船舶に乗り組む船員に係る第四十八条の二第二項本文の規定の適用を当分の間猶予することがやむを得ないと所轄地方運輸局長が特に認めるものに乗り組む船員に係る同条の規定の適用については、当分の間、同条第一項中「次に掲げる」とあるのは「附則第二条に規定する」と、「一月以内の一定の期間とする。ただし、第一号の船員のうち沿海区域又は平水区域を航行区域とする総トン数七百トン未満の船舶で国内各港間のみを航海するもの（以下「小型船」という。）に乗り組むものについては、三月以内の一定の期間」とあるのは「三月」と、同条第二項中「前項各号に掲げる」とあるのは「附則第三条に規定する」と、「十二時間」とあるのは「十四時間」と、「一定の期間」とあるのは「三月」と、同条第三項中「第一項各号に掲げる」とあるのは「附則第三条に規定する」と、「同項の一定の期間」とあるのは「第一項の三月」とする。
この省令の施行前に改正前の船員法施行規則、船舶に乗り組む医師及び衛生管理者に関する省令、救命艇手規則、小型船等に乗り組む海員の労働時間及び休日に関する省令又は船員電離放射線障害防止規則（以下この条において「船員法施行規則等」という。）の規定により新潟海運局長に対してした申請、届出その他の行為は、改正後の船員法施行規則等の規定に基づいて、新潟海運監理部長に対してした申請、届出その他の行為とみなす。
この省令の施行前に海運局支局長が法律又はこれに基づく命令の規定によりした処分等は、相当の地方運輸局又は海運監理部の海運支局長がした処分等とみなし、この省令の施行前に海運局支局長に対してした申請等は、相当の地方運輸局又は海運監理部の海運支局長に対してした申請等とみなす。
この省令による改正前の船員法施行規則第四十八条の三第一項第四号、第七十七条第一項又は第七十七条の二第一項の規定による地方運輸局の事務所の長の確認を受けた者は、それぞれ新規則第七十七条の三第一項の規定による地方運輸局の事務所の長の確認を受けたものとみなす。
沿海区域又は平水区域を航行区域とする総トン数七百トン未満の船舶で国内各港間のみを航海するもの（以下「小型船」という。）以外の船舶に乗り組む海員の平成七年三月三十一日を含む基準労働期間に係る補償休日の日数については、新規則第四十二条の五第一項第二号の規定にかかわらず、なお従前の例による。
2小型船に乗り組む海員の平成九年三月三十一日を含む基準労働期間に係る補償休日の日数については、新規則第四十二条の五第一項第二号の規定にかかわらず、新規則第八十六条の規定により読み替えて適用する新規則第四十二条の五第一項第二号の規定の例による。
船籍票受有現存船に係る船員法（昭和二十二年法律第百号）第十八条第一項の規定による船内の書類の備置きについては、当該船籍票受有現存船が新規登録を受ける日又は法附則第二条第一号に定める日のいずれか早い日までの間は、なお従前の例による。
この省令の施行の際現に航行中である船舶については、第二条の規定による改正後の船員法施行規則の規定にかかわらず、当該航海が終了するまでは、なお従前の例による。
船員又は船員であった者は、船員手帳に記載されている事項であって、この省令の施行前に雇入契約の公認を受けたものについて地方運輸局長の証明を申請することができる。この場合においては、新規則第三十九条第二項の規定を準用する。
この省令の施行前にしたこの省令による改正前の省令の規定による処分、手続、その他の行為は、この省令による改正後の省令（以下「新令」という。）の規定の適用については、新令の相当規定によってしたものとみなす。
前条第三項の場合であつて、当該船橋航海当直警報装置の性能上、常時作動させることができないやむを得ない事由があるときは、第二条の規定による改正後の船員法施行規則第三条の十八の規定は、適用しない。
この省令の施行の際現にある第一条の規定による改正前の船員法施行規則第一号書式による海員名簿、第十六号書式による船員手帳及び第十六号の六書式による申請書並びに第三条の規定による改正前の船舶料理士に関する省令第一号様式による申請書、第二号様式による船舶料理士資格証明書及び第三号様式による申請書は、それぞれ第一条の規定による改正後の船員法施行規則第一号書式による海員名簿、第十六号書式による船員手帳及び第十六号の六書式による申請書並びに第三条の規定による改正後の船内における食料の支給を行う者に関する省令第一号様式による申請書、第二号様式による船舶料理士資格証明書及び第三号様式による申請書とみなす。
この省令の施行日から起算して二年を経過する日までの間は、次の表上欄に掲げる資格の区分に応じて、同表下欄に掲げる要件を満たしている者は、当該資格を有しているものとみなす。
この省令の施行の際現に第五条の規定による改正前の船員法施行規則第四十五条の二第二項の定めるところにより備え置いている休日付与簿は、最後の記載をした日から三年を経過する日まで、なお備え置かなければならない。
令和五年三月三十一日までに交付又は再交付された船員手帳は、改正後の船員法施行規則（以下「新規則」という。）第十六号書式にかかわらず、なおこれを使用することができる。この場合においては、新規則第十六号書式第十四表から第十六表までに記載すべき事項は、旧規則第十六号書式第十四表及び第十五表を適宜補正してこれに記載するものとする。
この省令の施行の際現に使用する改正前の船員法施行規則第二号書式による航海日誌については、なお従前の例による。