法第七条第五項第一号の政令で定める一定の期間は、一月とする。ただし、指定医（法第六条第一項に規定する指定医をいう。次項において同じ。）が診断書（法第六条第一項に規定する診断書をいう。次項において同じ。）の作成に期間を要したことその他のやむを得ない理由により法第六条第一項の申請を同号に規定する診断した日から一月以内に行わなかったときは、三月とする。
2法第七条第五項第二号の政令で定める一定の期間は、一月とする。ただし、指定医が診断書の作成に期間を要したことその他のやむを得ない理由により法第六条第一項の申請を同号に規定する基準に該当することとなった日の翌日から一月以内に行わなかったときは、三月とする。
法の施行の日の前日において厚生労働大臣が定める医療に関する給付が行われるべき療養を受け、法の施行の日から継続して支給認定を受けている指定難病の患者（次条において「難病療養継続者」という。）に係る第一条第一項の規定の適用については、平成二十九年十二月三十一日までの間、次の表の上欄に掲げる同項の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
指定都市は、施行日前においても、読替え後の難病法第七条第四項の規定の例により、当該指定都市を包括する都道府県が施行日前に難病法第七条第一項の規定により行った支給認定（同項に規定する支給認定をいう。以下第三項までにおいて同じ。）であって、前条第一項の規定により施行日以後においては読替え後の難病法第七条第一項の規定により当該指定都市が行った支給認定とみなされるべきものを受けている支給認定患者等（難病法第七条第四項に規定する支給認定患者等をいう。次項及び第四項において同じ。）に対して、当該支給認定に係る医療受給者証（読替え後の難病法第七条第四項に規定する医療受給者証をいう。次項及び第三項において同じ。）を交付することができる。
2指定都市は、前項の規定により支給認定患者等に対して医療受給者証を交付した場合において、当該指定都市を包括する都道府県が施行日前に難病法第十一条第一項の規定により当該支給認定患者等に係る支給認定を取り消したときは、読替え後の難病法第十一条第二項の規定の例により、当該支給認定患者等に対して、当該医療受給者証の返還を求めるものとする。
3第一項の規定により交付された医療受給者証は、施行日において当該医療受給者証に係る支給認定が効力を有する場合に限り、施行日において読替え後の難病法第七条第四項の規定により交付されたものとみなす。
4第一項の規定により指定都市が支給認定患者等に対して同項に規定する医療受給者証を交付した場合において、当該指定都市を包括する都道府県が施行日前に難病法第七条第四項の規定により当該支給認定患者等に交付した医療受給者証（同項に規定する医療受給者証をいう。）は、施行日においてその効力を失う。この場合において、当該都道府県は、当該支給認定患者等に対して、当該都道府県が交付した医療受給者証の返還を求めるものとする。