国庫納付金については、法第十六条第二項に規定する残余の額を政府の年金特別会計の厚生年金勘定、健康勘定又は業務勘定からの出資金の額に応じて按分した額を、それぞれ政府の年金特別会計の厚生年金勘定、健康勘定又は業務勘定に帰属させるものとする。
2前項に規定する出資金の額は、法第十六条第二項に規定する残余の額を生じた中期目標の期間の開始の日における政府の年金特別会計の厚生年金勘定、健康勘定又は業務勘定からの出資金の額（同日後当該中期目標の期間中に政府の年金特別会計の厚生年金勘定、健康勘定又は業務勘定からの出資の額の減少があったときは、当該減少のあった日から当該中期目標の期間の末日までの日数を当該中期目標の期間の日数で除して得た数を当該減少した出資の額に乗じて得た額を、それぞれ減じた額）とする。
機構の成立前に行政機関の保有する個人情報の保護に関する法律（平成十五年法律第五十八号。同法第二条第三項に規定する保有個人情報の開示、訂正及び利用停止に係る部分に限る。）の規定に基づき機構の業務に係る同項に規定する保有個人情報に関して社会保険庁長官（同法第四十六条の規定により委任を受けた職員を含む。以下この条において同じ。）がした行為及び社会保険庁長官に対してされた行為は、機構の成立後は、独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律（平成十五年法律第五十九号。同法第二条第三項に規定する保有個人情報の開示、訂正及び利用停止に係る部分に限る。）の規定に基づき機構がした行為及び機構に対してされた行為とみなす。
附則第二条第一項及び前条第一項に定めるもののほか、施行日前にこの政令による改正前のそれぞれの政令の規定によりされた承認等の処分その他の行為（以下この項において「処分等の行為」という。）又はこの政令の施行の際現にこの政令による改正前のそれぞれの政令の規定によりされている承認等の申請その他の行為（以下この項において「申請等の行為」という。）で、施行日においてこれらの行為に係る行政事務を行うべき者が異なることとなるものは、施行日以後におけるこの政令による改正後のそれぞれの政令の適用については、この政令による改正後のそれぞれの政令の相当規定によりされた処分等の行為又は申請等の行為とみなす。
2附則第二条第二項及び前条第二項に定めるもののほか、施行日前にこの政令による改正前のそれぞれの政令の規定により国又は都道府県の機関に対し報告、届出その他の手続をしなければならない事項で、施行日前にその手続がされていないものについては、これを、この政令による改正後のそれぞれの政令の相当規定により地方公共団体の相当の機関に対して報告、届出その他の手続をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなして、この政令による改正後のそれぞれの政令の規定を適用する。