機構は、法第十六条第二項に規定する残余があるときは、当該規定による納付金（以下「国庫納付金」という。）の計算書に、当該期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該期間最後の事業年度の損益計算書その他の当該国庫納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、当該期間最後の事業年度の次の事業年度の六月三十日までに、これを厚生労働大臣に提出しなければならない。ただし、前条第一項の承認申請書を提出したときは、これに添付した同条第二項に規定する書類を重ねて提出することを要しない。
2厚生労働大臣は、前項の国庫納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該国庫納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。
国民年金事業等の運営の改善のための国民年金法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第百十号）第七条の規定による改正前の厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第七十九条の施設又は健康保険法（大正十一年法律第七十号）第百五十条第二項の事業（政府が管掌する健康保険に係るものに限る。）の用に供する施設として開設された病院（医療法（昭和二十三年法律第二百五号）第一条の五第一項に規定する病院をいう。以下この条において同じ。）のうち法第三条に規定する年金福祉施設等に該当するもの及び雇用保険法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十号）第四条の規定による改正前の船員保険法（昭和十四年法律第七十三号）第五十七条ノ二の事業の用に供する施設として開設された病院のうち法附則第四条第一項に規定する施設に該当するものについての独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十三号）の施行の日までの間における医療法第七条の二第一項第八号の規定の適用については、同号中「国の委託を受けて健康保険法第百五十条及び船員保険法（昭和十四年法律第七十三号）第百十一条」とあるのは、「独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構の委託を受けて健康保険法第百五十条第二項の施設、雇用保険法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十号）第四条の規定による改正前の船員保険法（昭和十四年法律第七十三号）第五十七条ノ二の施設及び国民年金事業等の運営の改善のための国民年金法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第百十号）第七条の規定による改正前の厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第七十九条」とする。