（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第五条
農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う基礎的研究業務に係る不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う基礎的研究業務に係る不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
整備法の施行の日前に整備法第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第十六条第一項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金の償還計画の認可の申請については、第二条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令第七条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「研究機構法第十七条第一項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第十五条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第十七条第一項」と、同条第一号中「当該事業年度における借入見込額並びにその借入先」を「その借入先」とする。