副理事長の任期は四年とし、理事の任期は二年とする。
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機構の成立の際現に係属している旧国立病院等(国立ハンセン病療養所を除く。)の所掌事務に関する訴訟事件又は非訟事件であって機構が受け継ぐものについては、政令で定めるところにより、機構を国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律(昭和二十二年法律第百九十四号)に規定する国又は行政庁とみなし、同法を適用する。