機構の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
2金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
3平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第七条の三第三項第二号イ及びロにおいて「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
研究所の成立の際研究所法附則第五条第二項の規定により研究所に出資されたものとされる財産のうち償却資産については、第九条第一項の指定があったものとみなす。
国立研究開発法人放射線医学総合研究所法の一部を改正する法律（次条において「改正法」という。）附則第二条第一項の規定により機構が承継する有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分及び時の経過による資産除去債務の調整額については、この省令による改正後の国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令（次条において「量子機構財会省令」という。）第四条の指定があったものとみなす。
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書については、なお従前の例による。
国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の成立の際、国立研究開発法人放射線医学総合研究所法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第五十一号）附則第二条第三項の規定により国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構に出資されたものとされる資産のうち前払費用及び為替予約については、この省令による改正後の国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令第五条の二第一項の指定を受けたものとみなす。
この省令による改正後の国立研究開発法人物質・材料研究機構に関する省令第十条及び第十一条の二、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令第六条及び第七条の二並びに国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第十一条の二の規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表について適用し、同日前に開始する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。