国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）は、農業及び食品産業に関する技術（蚕糸に関する技術を含む。以下「農業等に関する技術」という。）上の試験及び研究等を行うことにより、農業等に関する技術の向上に寄与するとともに、生物系特定産業技術に関する基礎的な試験及び研究を行うことにより、生物系特定産業技術の高度化に資することを目的とする。
2研究機構は、前項に規定するもののほか、種苗法（平成十年法律第八十三号）に基づき適正な農林水産植物の品種登録の実施を図るための現地調査又は栽培試験を行うとともに、優良な種苗の流通の確保を図るための農作物の種苗の検査並びにばれいしょ及びさとうきびの増殖に必要な種苗の生産及び配布を行うことを目的とする。
研究機構の成立の際現に存する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が引継職員であるものは、研究機構の成立の際国営企業及び特定独立行政法人の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号）の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
2前項の規定により法人である労働組合となったものは、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
3第一項の規定により労働組合となったものについては、研究機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
生物系特定産業技術研究推進機構（以下「推進機構」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、その資産及び債務は、次項の規定により国が承継する資産を除き、その時において研究機構が承継する。
2この法律の施行の際現に推進機構が有する資産のうち、研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
3前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
4推進機構の平成十五年四月一日に始まる事業年度は、推進機構の解散の日の前日に終わるものとする。
5推進機構の平成十五年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書については、なお従前の例による。
6第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、政府及び政府以外の者から推進機構に対し附則第八条の規定による廃止前の生物系特定産業技術研究推進機構法（昭和六十一年法律第八十二号。以下「旧推進機構法」という。）第五条第二項第一号に規定する民間研究促進業務（以下この項において「民間研究促進業務」という。）に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されている出資金に相当する金額（第二項の規定により国が承継する資産に旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている民間研究促進業務に係る勘定（以下この条において「民間研究促進業務勘定」という。）に属する資産が含まれる場合にあっては、政府の出資金に相当する金額については、当該金額から第二項の規定により国が承継する資産のうち民間研究促進業務勘定に属する資産の価額及び当該資産の価額を基礎として政令で定めるところにより算定した金額の合計額を控除した額に相当する金額）は、それぞれ、その承継に際し政府及び当該政府以外の者から研究機構に新法第十四条第二号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。
7第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額（以下「純資産額」という。）のうち旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている旧推進機構法第五条第二項第二号に規定する基礎的研究業務に係る勘定に属する額に相当する金額は、その承継に際し政府から研究機構に新法第十四条第三号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。
8第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、純資産額のうち旧推進機構法第三十一条の規定により設けられている旧推進機構法第五条第二項第三号に規定する農業機械化促進業務（第二号において「農業機械化促進業務」という。）に係る勘定（第一号において「農業機械化促進業務勘定」という。）に属する額に相当する金額は、その承継に際し政府及び政府以外の者から研究機構に新法第十四条第四号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、その承継の際における次の各号に掲げる金額は、それぞれ、その承継に際し当該各号に定める者から研究機構に出資されたものとする。
9前三項の場合において、研究機構は、新法第七条第二項に規定する認可を受けることなく、前三項の規定により研究機構に出資されたものとされた額により資本金を増加するものとする。
10第七項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
11前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
12第一項の規定により研究機構が推進機構の資産及び債務を承継したときは、その承継の際、民間研究促進業務勘定において繰越欠損金として整理されている金額（第二項の規定により国が承継する資産に民間研究促進業務勘定に属する資産が含まれる場合にあっては、当該金額から第六項の政令で定めるところにより算定した金額を控除した額に相当する金額）は、新法第十四条の規定により設けられている同条第二号に掲げる業務に係る勘定に属する繰越欠損金として整理しなければならない。
13推進機構の解散については、旧推進機構法第四十五条第一項の規定による残余財産の分配は、行わない。
14第一項の規定により推進機構が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
附則第二条の規定により施行日後の研究機構等の職員となる者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
2施行日後の研究機構等は、前項の規定の適用を受けた当該施行日後の研究機構等の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
3施行日の前日の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所、独立行政法人食品総合研究所、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人さけ・ます資源管理センター、独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、独立行政法人林木育種センター、独立行政法人水産大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター及び独立行政法人森林総合研究所（以下「施行日前の研究機構等」という。）に職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となり、かつ、引き続き当該施行日後の研究機構等（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）第二条の規定による改正前の国立研究開発法人水産総合研究センター法（平成十一年法律第百九十九号）第二条の国立研究開発法人水産総合研究センター及び国立研究開発法人水産研究・教育機構、平成二十七年整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業生物資源研究所、同項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業環境技術研究所、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター並びに森林法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第四十四号）第五条の規定による改正前の国立研究開発法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）第二条の国立研究開発法人森林総合研究所及び国立研究開発法人森林研究・整備機構を含む。以下この項において同じ。）の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の当該施行日後の研究機構等の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が当該施行日後の研究機構等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
4施行日後の研究機構等は、施行日の前日に施行日前の研究機構等の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究機構等の職員となった者のうち施行日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に当該施行日後の研究機構等を退職したものであって、その退職した日まで当該施行日前の研究機構等の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。
2附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
前二条に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。