施行法附則第二十六条第一項の規定により第五条第一項の規定による解散前の機構(以下「旧機構」という。)に対して港湾法(昭和二十五年法律第二百十八号)第三十七条第一項の規定により港湾管理者の長がした許可に基づくものとみなされた行為は、第二条の規定により当該行為に係る新幹線鉄道施設を譲り受けた旅客鉄道株式会社に対して同項の規定により港湾管理者の長がした許可に基づく行為とみなす。
2附則第二十一条の規定による改正前の施行法附則第三十二条第六項の規定により旧機構に対し全国新幹線鉄道整備法(昭和四十五年法律第七十一号)第六条第一項の規定による建設主体の指名及び同法第八条の規定による建設の指示が行われたものとみなされた建設線の区間については、施行法附則第三十二条第五項の規定にかかわらず、第五条第一項の規定による機構の解散の時において、東日本旅客鉄道株式会社に対し全国新幹線鉄道整備法第六条第一項の規定による建設主体の指名及び同法第八条の規定による建設の指示が行われたものとみなす。
3附則第二十一条の規定による改正前の施行法附則第三十二条第八項の規定により旧機構に対しされたものとみなされた全国新幹線鉄道整備法第九条第一項の規定による工事実施計画の認可及び旧機構に対しされた同項の規定による工事実施計画の認可は、東日本旅客鉄道株式会社に対しされた同項の規定による工事実施計画の認可とみなす。
4施行法附則第三十九条の規定により旧機構に対して道路法(昭和二十七年法律第百八十号)第三十二条第一項及び第三項の規定により道路管理者がした許可に基づくものとみなされた占用並びに旧機構に対して同条第一項及び第三項の規定により道路管理者がした許可に基づく占用は、第二条の規定により当該占用に係る新幹線鉄道施設を譲り受けた旅客鉄道株式会社に対して同法第三十二条第一項及び第三項の規定により道路管理者がした許可に基づく占用とみなす。
5第二条の規定により旅客鉄道株式会社が新幹線鉄道施設を譲り受ける場合における当該新幹線鉄道施設の取得に対しては、不動産取得税を課することができない。