政府は、前条の基本理念にのつとり、瀬戸内海の環境の保全上有効な施策の実施を推進するため、瀬戸内海の沿岸域の環境の保全、再生及び創出、水質の保全及び管理、自然景観及び文化的景観の保全、水産資源の持続的な利用の確保等に関し、瀬戸内海の環境の保全に関する基本となるべき計画（以下「基本計画」という。）を策定しなければならない。
2政府は、瀬戸内海の環境の保全に関する施策の効果に関する評価を踏まえ、おおむね五年ごとに、基本計画に検討を加え、必要があると認めるときは、これを変更しなければならない。
3基本計画の決定又は変更に当たつては、環境大臣は、あらかじめ、中央環境審議会及び関係府県知事の意見を聴かなければならない。
4基本計画の決定又は変更があつたときは、環境大臣は、遅滞なく、これを関係府県知事に送付するとともに、公表しなければならない。
この法律の施行前にした行為及び水質汚濁防止法第八条の規定による命令又は同法第九条第一項の規定による実施の制限に関しこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律の施行の際現に臨時措置法第五条第一項に規定する区域において改正前の水質汚濁防止法（以下「旧水質汚濁防止法」という。）第二条第二項に規定する特定施設を設置している者（設置の工事をしている者及び臨時措置法第五条第一項の許可を受けた者又は旧水質汚濁防止法第五条の規定による届出をした者であつて設置の工事に着手していないものを含む。）であつて旧水質汚濁防止法第二条第三項に規定する排出水を排出するものは、この法律の施行の日から六十日以内に、総理府令で定めるところにより、排出水の排水系統別の汚染状態及び量を府県知事（特別措置法第二十二条第一項の政令で定める市の区域内の特別措置法第五条第一項に規定する特定施設に係る場合にあつては当該市の長とし、改正後の水質汚濁防止法第二十八条第一項の政令で定める市の区域内の同法第二条第二項に規定する特定施設（特別措置法第五条第一項に規定する特定施設を除く。）に係る場合にあつては当該市の長とする。）に届け出なければならない。
2前項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、十万円以下の罰金に処する。
3法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。