第十三条
法の施行の際沖縄の区域内において本土法第二条第二項に規定する特定施設に相当する施設を設置している者の当該施設を設置している工場又は事業場から排出される水については、本土法第十二条第一項の規定は、法の施行の日から起算して六月を経過する日までの間（当該施設が水質汚濁防止法施行令（昭和四十六年政令第百八十八号）別表第二に掲げる施設である場合にあつては、一年を経過する日までの間）は、適用しない。
2第十一条第一項の規定により本土法の規定によりされたものとみなされた届出に係る特定施設で法の施行後に設置されることとなるものの当該設置されることとなる工場又は事業場から排出される水についても、前項と同様とする。