何人も、船舶、海洋施設又は航空機からの油、有害液体物質等又は廃棄物の排出、船舶からの有害水バラストの排出、油、有害液体物質等又は廃棄物の海底下廃棄、船舶からの排出ガスの放出その他の行為により海洋汚染等をしないように努めなければならない。
2船舶の船長又は船舶所有者、海洋施設等又は海洋危険物管理施設の管理者又は設置者その他の関係者は、油、有害液体物質等若しくは危険物の排出があつた場合又は海上火災が発生した場合において排出された油又は有害液体物質等の防除、消火、延焼の防止等の措置を講ずることができるように常時備えるとともに、これらの事態が発生した場合には、当該措置を適確に実施することにより、海洋の汚染及び海上災害の防止に努めなければならない。
船舶の油による海水の汚濁の防止に関する法律（昭和四十二年法律第百二十七号。以下「旧海水油濁防止法」という。）は、廃止する。
昭和四十九年十二月六日に設立された財団法人海上防災センター（以下「財団法人」という。）は、寄附行為で定めるところにより、発起人に対して、センターにおいてその一切の権利及び義務を承継すべき旨を申し出ることができる。
2発起人は、前項の規定による申出があつたときは、遅滞なく、運輸大臣の認可を申請しなければならない。
3前項の認可があつたときは、財団法人の一切の権利及び義務は、センターの成立の時においてセンターに承継されるものとし、財団法人は、その時において解散するものとする。この場合においては、他の法令中法人の解散及び清算に関する規定は、適用しない。
4前項の規定により財団法人が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（平成十六年法律第三十六号）第一条の規定による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第五条から第八条までの規定は、タンカー以外の船舶で総トン数百トン以上二百トン未満のものであつて前条ただし書の政令で定める日前に建造され又は建造に着手された船舶については、適用しない。
2新法第四条第一項本文の規定又は新法第五条から第八条までの規定は、タンカー以外の船舶で総トン数二百トン以上三百トン未満のものであつて前条ただし書の政令で定める日前に建造され若しくは建造に着手されたものからのビルジの排出又は当該船舶については、当該日から起算して三年を経過する日までの間は、適用しない。
条約附属書Ⅳが効力を生じた日（平成十五年九月二十七日。以下この条及び次条において単に「発効日」という。）前に建造契約が結ばれた船舶（建造契約がない船舶にあつては、発効日前に建造に着手されたもの）であつて、発効日の翌日から起算して三年を経過する日以前に船舶所有者に対し引き渡されるものからの海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（平成十六年法律第三十六号）第一条の規定による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新海洋汚染等防止法」という。）第十条第二項第一号に規定するふん尿等の排出については、発効日の翌日から起算して五年以上十年以内において政令で定める期間を経過する日までの間は、同項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
運輸大臣又は船級協会（この法律による改正後の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第十七条の十二第一項の認定を受けた法人をいう。以下同じ。）は、前条ただし書の政令で定める日以後においては、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前においても、船舶に備え置き、又は掲示された油濁防止緊急措置手引書（新法第七条の二第一項の油濁防止緊急措置手引書をいう。以下同じ。）について、新法第十七条の二又は第十七条の十二第二項に規定する検査に相当する検査を行うことができる。
2運輸大臣は、前条ただし書の政令で定める日以後においては、施行日前においても、油濁防止緊急措置手引書に係る新法第十七条の三第一項の海洋汚染防止証書に相当する証書を交付することができる。
3前項の規定により交付した証書は、その交付後施行日までの間に運輸省令で定める事由が生じたときを除き、施行日以後は、油濁防止緊急措置手引書に係る新法第十七条の三第一項の海洋汚染防止証書とみなす。この場合において、当該証書の有効期間の起算日は、前項の規定によりその交付をした日とする。
4次に掲げる者（国を除く。）は、実費を勘案して運輸省令で定める額の手数料を収入印紙をもって国に納付しなければならない。
5偽りその他不正の行為により第二項の海洋汚染防止証書に相当する証書の交付を受けた者は、六月以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
6船舶安全法（昭和八年法律第十一号）第八条第二項及び第二十四条ノ二の規定は船級協会の第一項に規定する検査の業務に関する監督について、同法第二十三条及び第二十四条の規定は船級協会の同項に規定する検査の業務に従事する役員又は職員について準用する。この場合において、同法第二十三条第一項中「第八条第一項ニ掲グル船舶ニ付第二条第一項各号ニ掲グル事項又ハ満載吃水線ニ関スル検査（第八条第一項ノ命令ヲ以テ定ムルモノヲ除ク）」とあり、及び同法第二十四条第一項中「前条ニ掲グル検査」とあるのは、「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律の一部を改正する法律（平成四年法律第三十八号）（以下改正法ト称ス）ニ依ル改正後ノ海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律第七条の二第一項ノ油濁防止緊急措置手引書ニ付キ改正法附則第二条第一項ニ規定スル検査」と読み替えるものとする。
この法律の施行前に法令に基づき審議会その他の合議制の機関に対し行政手続法第十三条に規定する聴聞又は弁明の機会の付与の手続その他の意見陳述のための手続に相当する手続を執るべきことの諮問その他の求めがされた場合においては、当該諮問その他の求めに係る不利益処分の手続に関しては、この法律による改正後の関係法律の規定にかかわらず、なお従前の例による。
この法律（前条ただし書に規定する規定については、当該規定）の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
改正後の第四十二条の四十三第二項及び第三項の規定は、平成七年四月一日に始まる事業年度に係る同条第二項及び第三項に規定する書類から適用する。
この法律の施行の際現にこの法律による改正前の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下「旧法」という。）第二十六条第一項の規定により認可を受けている廃油処理規程は、この法律による改正後の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第二十六条第一項の規定により届け出た廃油処理規程とみなす。
2この法律の施行の際現にされている旧法第二十六条第一項の規定による廃油処理規程の認可の申請は、新法第二十六条第一項の規定によりした届出とみなす。
国土交通大臣又は船級協会（この法律による改正後の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第十七条の十二第一項の規定により新法第九条の四第六項の有害液体汚染防止緊急措置手引書又は同条第七項の海洋汚染防止緊急措置手引書（以下「有害液体汚染防止緊急措置手引書等」という。）についての検査を行う者として認定を受けた法人をいう。以下同じ。）は、施行日前においても、有害液体汚染防止緊急措置手引書等について、新法第十七条の二又は第十七条の十二第二項に規定する検査に相当する検査を行うことができる。
2国土交通大臣又は船級協会が前項の検査の結果当該有害液体汚染防止緊急措置手引書等について国土交通省令で定める新法第九条の四第九項において準用する新法第七条の二第二項に規定する技術上の基準に相当する基準に適合すると認めたときは、国土交通大臣は、有害液体汚染防止緊急措置手引書等に係る新法第十七条の三第一項の海洋汚染防止証書に相当する証書を交付しなければならない。
3前項の規定により交付した証書は、その交付後施行日までの間に国土交通省令で定める事由が生じたときを除き、施行日以後は、有害液体汚染防止緊急措置手引書等に係る海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（平成十六年法律第三十六号）第一条の規定による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新海洋汚染等防止法」という。）第十九条の三十七第一項の規定により交付した海洋汚染等防止証書とみなす。この場合において、当該証書の有効期間の起算日は、前項の規定によりその交付をした日とする。
4次に掲げる者（国及び独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人であって当該独立行政法人の業務の内容その他の事情を勘案して政令で定めるものに限る。）を除く。）は、実費を勘案して国土交通省令で定める額の手数料を収入印紙をもって国に納付しなければならない。
5偽りその他不正の行為により第二項の海洋汚染防止証書に相当する証書の交付を受けた者は、二百万円以下の罰金に処する。
6船舶安全法（昭和八年法律第十一号）第八条第二項及び第二十四条ノ二の規定は船級協会の第一項に規定する検査の業務に関する監督について、同法第二十三条及び第二十四条の規定は船級協会の同項に規定する検査の業務に従事する役員又は職員について準用する。この場合において、同法第二十三条第一項中「第八条第一項ニ掲グル船舶ニ付第二条第一項各号ニ掲グル事項又ハ満載喫水線ニ関スル検査（第八条第一項ノ国土交通省令ヲ以テ定ムルモノヲ除ク）」とあり、及び同法第二十四条第一項中「前条ニ掲グル検査」とあるのは、「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律の一部を改正する法律（平成十二年法律第六十四号）（以下改正法ト称ス）ニ依ル改正後ノ海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律第九条の四第六項ノ有害液体汚染防止緊急措置手引書又ハ同条第七項ノ海洋汚染防止緊急措置手引書ニ付改正法附則第二条第一項ニ規定スル検査」と読み替えるものとする。
海上災害防止センター（以下「旧センター」という。）は、独立行政法人海上災害防止センター（以下「センター」という。）の成立の時において解散するものとし、その一切の権利及び義務は、次項の規定により国が承継する資産を除き、その時においてセンターが承継する。
2センターの成立の際現に旧センターが有する権利のうち、センターがその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、センターの成立の時において国が承継する。
3前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
4旧センターの解散の日の前日を含む事業年度は、その日に終わるものとする。
5旧センターの解散の日の前日を含む事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書については、なお従前の例による。
6第一項の規定によりセンターが旧センターの権利及び義務を承継したときは、その承継の際、この法律による改正前の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下「旧法」という。）第四十二条の三十六第一項第一号及び第二号の業務に係るものについては、センターが承継する資産の価額（旧法第四十二条の四十第一項の基金に充てるために出資され、又は出えんされた金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、この法律による改正後の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第四十二条の二十九に規定する防災措置業務の財源に充てるための積立金又は当該業務に係る勘定に属する新法第四十二条の三十第一項に規定する積立金若しくは繰越欠損金として整理するものとする。
7第一項の規定によりセンターが旧センターの権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧法第四十二条の三十六第一項第一号及び第二号の業務以外の業務に係るものについては、センターが承継する資産の価額（当該業務に要する資金に充てるために政府以外の者から旧センターに出えんされた金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、新法第四十二条の二十九に規定するその他の業務の財源に充てるための積立金又は当該業務に係る勘定に属する新法第四十二条の三十第一項に規定する積立金若しくは繰越欠損金として整理するものとする。
8前二項の資産の価額は、センターの成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
9前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
10第一項の規定によりセンターが旧センターの権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧法第四十二条の三十六第一項第一号及び第二号の業務以外の業務に要する資金に充てるために政府以外の者から旧センターに出えんされた金額は、新法第四十二条の二十九に規定するその他の業務に係る勘定に属する出えん金として整理するものとする。
11第一項の規定によりセンターが旧センターの権利及び義務を承継したときは、政府若しくは政府以外の者から旧法第四十二条の四十第一項の基金に充てるために出資され、又は政府以外の者から同項の基金に出えんされた金額に相当する金額は、それぞれ、センターの設立に際し、政府及び政府以外の者から新法第四十二条の二十八の基金に充てるために出資され、又は政府以外の者から同条の基金に出えんされたものとする。
12旧センターの解散については、旧法第四十二条の五十二第一項の規定による残余財産の分配は、行わない。
13第一項の規定により旧センターが解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
国土交通大臣は、施行日前においても、第一条の規定による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新海洋汚染等防止法」という。）第十九条の四第一項の原動機について当該原動機からの窒素酸化物の放出量が新海洋汚染等防止法第十九条の三の放出基準に相当する基準（以下「相当放出基準」という。）に適合するものであることについて新海洋汚染等防止法第十九条の四第一項の確認に相当する確認（以下「相当確認」という。）をし、かつ、新海洋汚染等防止法第十九条の五の原動機取扱手引書に相当する図書（以下「相当手引書」という。）の承認を行うことができる。
2国土交通大臣は、相当確認をし、かつ、相当手引書を承認したときは、当該原動機に係る相当確認を受けた者に対し、新海洋汚染等防止法第十九条の六の国際大気汚染防止原動機証書に相当する証書（以下「相当原動機証書」という。）を交付しなければならない。
3国土交通大臣が相当確認をし、相当手引書の承認を行い、及び相当原動機証書を交付したときは、当該原動機に係る相当確認、承認された相当手引書及び交付された相当原動機証書は、施行日までの間に国土交通省令で定める事由が生じたときを除き、施行日以後は、それぞれ国土交通大臣が行った放出量確認、承認をした原動機取扱手引書及び交付した国際大気汚染防止原動機証書とみなす。
4次の各号のいずれかに掲げる者（国及び独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人であって、当該独立行政法人の業務の内容その他の事情を勘案して政令で定めるものに限る。）を除く。）は、実費を勘案して国土交通省令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。
5前項の手数料の納付は、収入印紙をもってしなければならない。ただし、行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）第三条第一項の規定により同項に規定する電子情報処理組織を使用して相当確認及び承認又は再交付若しくは書換えに係る申請をする場合には、国土交通省令で定めるところにより、現金をもってすることができる。
6偽りその他不正の行為により国土交通大臣から相当原動機証書の交付を受けた者は、百万円以下の罰金に処する。
7法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して、同項の罰金刑を科する。
この法律による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第十条の六第一項、第十八条の二第一項又は第四十三条の二第一項の許可を受けようとする者は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前においても、新法第十条の六、第十八条の二又は第四十三条の二の規定の例により、その許可の申請をすることができる。
2環境大臣は、前項の規定により許可の申請があった場合には、施行日前においても、新法第十条の六から第十条の八まで（これらの規定を新法第十八条の二第三項又は第四十三条の四において準用する場合を含む。）、第十八条の二第一項又は第四十三条の二及び第四十三条の三の規定の例により、その許可をすることができる。この場合において、これらの規定の例により許可を受けたときは、施行日において新法第十条の六第一項、第十八条の二第一項又は第四十三条の二第一項の規定により許可を受けたものとみなす。
3前項の場合において、新法第十条の六第四項（新法第十八条の二第三項又は第四十三条の四において準用する場合を含む。）の規定の例により公告があったときは、第一項の許可の申請に係る廃棄物の排出又は海洋施設の廃棄に関し海洋環境の保全の見地からの意見を有する者は、施行日前においても、新法第十条の六第五項（新法第十八条の二第三項又は第四十三条の四において準用する場合を含む。）の規定の例により、環境大臣に意見書を提出することができる。
施行日前に海上保安庁長官がこの法律による改正前の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「旧法」という。）第四十条の規定によりした命令（排出された油（特定油を除く。）及び有害液体物質に係るものに限る。）は、この法律による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第三十九条第三項の規定により海上保安庁長官がした命令とみなす。
この法律の施行の際現に特定二酸化炭素ガスの海底下廃棄をしている者は、この法律の施行の日から起算して六月間（当該期間内にこの法律による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第十八条の八第一項の許可の申請について不許可の処分があったときは、当該処分のあった日までの間）は、新法第十八条の七及び第十八条の八第一項の規定にかかわらず、引き続き当該海底下廃棄をすることができる。その者がその期間内に同項の許可の申請をした場合において、その期間を経過したときは、その申請について許可又は不許可の処分があるまでの間も、同様とする。
2前項の規定により引き続き特定二酸化炭素ガスの海底下廃棄をする場合においては、その者を新法第十八条の八第一項の許可を受けた者とみなして、新法第十八条の十、新法第十八条の十二において読み替えて準用する新法第十条の九並びに新法第四十八条第二項及び第六項の規定（これらの規定に係る罰則を含む。）を適用する。この場合において、新法第十八条の十中「次の各号のいずれかに該当する」とあるのは「海底下廃棄をする海域及び海底下廃棄の方法が、環境省令で定める基準に適合せず、又は当該海底下廃棄をする海域の海洋環境の保全に障害を及ぼすおそれがあると認める」と、新法第十八条の十二において読み替えて準用する新法第十条の九第一項中「環境省令で定めるところにより、当該許可に係る第十八条の八第二項第三号の監視に関する計画（この計画について次条第一項の許可を受けたときは、変更後のもの）」とあるのは「環境省令で定める基準」とする。
国土交通大臣又は船級協会（第一条の規定による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第十九条の四十六第一項の規定による登録を受けた者をいう。以下この条において同じ。）は、施行日前においても、新法第十九条の二十四の二第一項の揮発性物質放出防止措置手引書（以下この条において「揮発性物質放出防止措置手引書」という。）について、新法第十九条の三十六又は第十九条の四十六第二項に規定する検査に相当する検査（以下この条において「相当検査」という。）を行うことができる。
2国土交通大臣が相当検査の結果当該揮発性物質放出防止措置手引書について国土交通省令で定める新法第十九条の二十四の二第二項に規定する技術上の基準に相当する基準（第六項において「相当技術基準」という。）に適合すると認めたときは、国土交通大臣は、揮発性物質放出防止措置手引書に係る新法第十九条の三十七第一項の海洋汚染等防止証書に相当する証書（以下この条において「相当証書」という。）を交付しなければならない。
3前項の規定により交付した相当証書は、その交付後施行日までの間に国土交通省令で定める事由が生じたときを除き、施行日以後は、揮発性物質放出防止措置手引書に係る新法第十九条の三十七第一項の規定により交付した海洋汚染等防止証書とみなす。この場合において、当該相当証書の有効期間の起算日は、前項の規定によりその交付をした日とする。
4次に掲げる者（国及び独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人であって当該独立行政法人の業務の内容その他の事情を勘案して政令で定めるものに限る。）を除く。）は、実費を勘案して国土交通省令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。
5前項の手数料の納付は、収入印紙をもってしなければならない。ただし、行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）第三条第一項の規定により同項に規定する電子情報処理組織を使用して前項各号の相当検査、交付又は再交付若しくは書換えに係る申請をする場合には、国土交通省令で定めるところにより、現金をもってすることができる。
6船級協会が相当検査を行い、かつ、船級の登録をした原油の輸送の用に供するタンカーは、当該船級を有する間は、国土交通大臣が当該揮発性物質放出防止措置手引書について相当検査を行い、相当技術基準に適合すると認めたものとみなす。
7船舶安全法（昭和八年法律第十一号）第二十五条の四十九第二項、第二十五条の五十一、第二十五条の五十三、第二十五条の五十六、第二十五条の五十七（第二十五条の三十第四項及び第二十五条の五十五の規定の準用に係る部分を除く。）、第二十五条の五十八（第一項第一号、第二号、第三号（第二十五条の五十及び第二十五条の五十二に係る部分に限る。）、第七号（第二十五条の五十五に係る部分に限る。）及び第八号並びに第二項第一号（第二十五条の五十八第一項第一号及び第八号に係る部分に限る。）及び第二号（第二十五条の五十七の規定により読み替えて準用する第二十五条の三十第四項及び第二十五条の五十五に係る部分に限る。）に係る部分を除く。）、第二十五条の五十九から第二十五条の六十一まで及び第二十五条の六十二（第一号から第三号までに係る部分を除く。）の規定は、第一項の規定により船級協会が相当検査を行う場合について準用する。
8偽りその他不正の行為により相当証書の交付を受けた者は、二百万円以下の罰金に処する。
9日本の船級協会の役員又は職員が、相当検査に関して、賄賂を収受し、又はその要求若しくは約束をしたときは、三年以下の懲役に処する。これによって不正の行為をし、又は相当の行為をしなかったときは、一年以上十年以下の懲役に処する。
10前項の場合において、犯人が収受した賄賂は、没収する。その全部又は一部を没収することができないときは、その価額を追徴する。
11第九項の賄賂を供与し、又はその申込み若しくは約束をした者は、三年以下の懲役又は百万円以下の罰金に処する。
12前項の罪を犯した者が自首したときは、その刑を減軽し、又は免除することができる。
13第七項において準用する船舶安全法第二十五条の五十八第一項の規定による業務の停止の命令に違反したときは、その違反行為をした船級協会の役員又は職員は、一年以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
14第七項において準用する船舶安全法第二十五条の六十の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をした場合には、その違反行為をした船級協会（外国にある事務所において業務を行う者を除く。）の役員又は職員は、三十万円以下の罰金に処する。
15第七項において準用する船舶安全法第二十五条の六十一第一項の規定による検査を拒み、妨げ、又は忌避した者は、三十万円以下の罰金に処する。
16法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、第八項又は前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して、当該各項の刑を科する。
17第七項において準用する船舶安全法第二十五条の五十三第一項の規定に違反して財務諸表等を備えて置かず、財務諸表等に記載すべき事項を記載せず、若しくは虚偽の記載をし、又は正当な理由がないのに第七項において準用する同条第二項各号に掲げる請求を拒んだ者（外国にある事務所において業務を行う者を除く。）は、二十万円以下の過料に処する。
この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前に建造契約が結ばれた船舶（建造契約がない船舶にあっては、平成二十五年六月三十日以前に建造に着手されたもの）であって、平成二十七年六月三十日以前に船舶所有者に対し引き渡されるもの（以下「現存船」という。）については、施行日以後最初に行われる第一条の規定による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新海洋汚染等防止法」という。）第十九条の三十六の規定による定期検査（以下単に「定期検査」という。）若しくは新海洋汚染等防止法第十九条の三十八の規定による中間検査（国土交通省令で定めるものに限る。以下単に「中間検査」という。）又は新海洋汚染等防止法第十九条の四十六第二項の規定によりこれらの検査を行ったものとみなされる同項の検査（以下「船級協会検査」という。）が開始される日までの間は、新海洋汚染等防止法第十九条の二十五第一項及び第十九条の二十八第一項の規定は、適用しない。
2現存船についての新海洋汚染等防止法第十九条の二十五第一項前段の規定の適用については、同項前段中「初めて」とあるのは、「海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第八十九号）の施行の日以後最初に行われる第十九条の三十六の規定による定期検査若しくは第十九条の三十八の規定による中間検査（同法附則第二条第一項の国土交通省令で定めるものに限る。）又は第十九条の四十六第二項の規定によりこれらの検査を行つたものとみなされる同項の検査が開始される日以後初めて」とする。
船舶バラスト水規制管理条約第十八条１の規定により船舶バラスト水規制管理条約が効力を生ずる日前に建造され又は建造に着手された船舶（湖沼等（湖、沼又は河川の区域（港則法（昭和二十三年法律第百七十四号）に基づく港の区域を除く。）をいう。以下この項において同じ。）において航行の用に供する船舟類を含む。以下この条において「現存船」という。）からの有害水バラスト排出（有害水バラストを水域に流し、又は落とすことをいう。以下この条において同じ。）のうち、特定水バラスト交換排出（特定水バラスト交換（水域環境の保全の見地から有害となるおそれが比較的少ない水バラストの積込みが可能なものとして政令で定める水域において、当該船舶（湖沼等において航行の用に供する船舟類を含む。以下同じ。）に積まれている水バラストを流し、又は落とし、代わりに当該水域の水を水バラストとして積み込むことをいう。以下この項において同じ。）を行うための有害水バラスト排出及び当該特定水バラスト交換を行った後新たに水バラストを積み込むことなく行う有害水バラスト排出であって、水域環境の保全の見地から有害となるおそれが比較的少ないものとして政令で定める要件に該当するものをいう。以下この条において同じ。）については、公布の日から起算して十年を超えない範囲内において政令で定める日までの間は、この法律による改正後の海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（以下「新法」という。）第十七条第一項本文（新法第十七条の六において準用する場合を含む。）の規定は、適用しない。
2現存船については、特定水バラスト交換排出以外の有害水バラスト排出を行わない場合に限り、前項に規定する政令で定める日までの間は、新法第十七条の二（新法第十七条の六において準用する場合を含む。）、第十九条の四十一第一項（新法第十七条の二第一項に規定する有害水バラスト処理設備（以下「有害水バラスト処理設備」という。）に係る部分に限る。）並びに第十九条の四十四第一項及び第三項（それぞれ有害水バラスト処理設備に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
3特定水バラスト交換排出以外の有害水バラスト排出を行わない現存船についての新法第十九条の三十六（有害水バラスト処理設備に係る部分に限る。）の規定の適用については、同条中「初めて」とあるのは、「海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七十三号）附則第二条第一項の政令で定める日以後初めて」とする。