法第二条第一項第三十五号（特別農業所得者の意義）に規定する政令で定める事業は、次に掲げる事業とする。
新令第二百二十四条第一項から第三項まで（繰越控除限度額等）又は第二百二十五条（繰越外国所得税額等）の規定を適用する場合において、昭和三十九年以前の各年に係る旧令第十二条の三十一第四号から第六号まで（外国税額の控除に関する用語の意義）に規定する国税の控除余裕額、地方税の控除余裕額又は控除限度超過額は、それぞれ当該各年に係る新令第二百二十四条第四項から第六項までに規定する国税の控除余裕額、地方税の控除余裕額又は控除限度超過額とみなす。この場合において、これらの金額のうち旧令第十二条の三十三第四項（国税の外国税控除限度額に加算する金額の計算等）又は第十三条第三項若しくは第四項（繰り越して控除される外国所得税の額の計算）の規定によりないものとみなされた金額は、それぞれ新令第二百二十四条第三項又は第二百二十五条第三項若しくは第四項の規定によりないものとみなされたものとする。
新令第三百四十一条第一項第一号及び第三号並びに第二項（生命保険金に類する給付等）の規定は、施行日以後に支払うべきこれらの規定に規定する保険金、共済金及び解約返戻金又は満期返戻金等について適用し、施行日前に支払うべき旧令第三百四十一条第一項第一号及び第三号並びに第二項（生命保険金に類する給付等）に規定する保険金、共済金及び解約返戻金又は満期返戻金等については、なお従前の例による。
2附則第二条第四項（内国法人が支払を受ける給付補てん金等に対する所得税の課税に関する経過措置）の規定は、所得税法等改正法附則第二十四条第二項（支払調書等の提出に関する経過措置）に規定する政令で定める期間について準用する。
3所得税法等改正法附則第二十四条第二項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項に規定する給付補てん金等で当該給付補てん金等の昭和六十三年四月一日を含む附則第二条第五項に規定する計算期間に対応するものの額に同日から当該計算期間の末日までの期間の日数を乗じた額を当該計算期間の日数で除して計算した金額とする。
改正法附則第十五条第二項（特別修繕引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第五十五条（特別修繕引当金）の規定の適用については、旧令第百六十条から第百六十三条まで（特別修繕引当金勘定への繰入限度額等）の規定並びに附則第十九条（所得税法施行令の一部を改正する政令の一部改正）の規定による改正前の所得税法施行令の一部を改正する政令（平成八年政令第八十四号）附則第四条（特別修繕引当金に関する経過措置）及び附則第二十条（所得税法施行令の一部を改正する政令の一部改正）の規定による改正前の所得税法施行令の一部を改正する政令（平成九年政令第百三号。次項において「平成九年改正令」という。）附則第三条（特別修繕引当金に関する経過措置）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧令第百六十条第三号及び第四号並びに第百六十一条第一項第一号ニ及び第三項中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。ただし、改正法附則第十五条第三項に規定する二年を経過した特別修繕引当金勘定の金額が生じた旧法第五十五条第一項に規定する固定資産については、同項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、ないものとする。
2改正法附則第十五条第三項に規定する政令で定める日は、同項に規定する資産が次の各号に掲げる資産のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める日とする。
3改正法附則第十五条第二項の資産に係る特別修繕引当金勘定の金額（同項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条第一項の規定により各年分の不動産所得の金額又は事業所得の金額の計算上必要経費に算入されたものに限るものとし、既にこの項又は同条第二項の規定により取り崩すべきこととなったものを除く。以下この条において同じ。）を有する個人の平成十一年以後の各年の十二月三十一日において、前年から繰り越された当該資産に係る特別修繕引当金勘定の金額のうちに当該資産に係る前項に規定する日の属する年の十二月三十一日（同日が平成十一年十二月三十一日前である場合には、同日）の翌日から二年を経過したもの（以下この項において「特別修繕予定日経過引当金額」という。）がある場合には、当該特別修繕予定日経過引当金額については、当該二年を経過した日の属する年の十二月三十一日における当該資産に係る特別修繕引当金勘定の金額に十二（当該個人が死亡した場合にはその死亡の日の属する年の一月一日から当該死亡の日までの期間の月数）を乗じてこれを当該資産に係る前項に規定する月数で除して計算した金額（当該計算した金額が当該経過した日の属する年の十二月三十一日における当該資産に係る特別修繕引当金勘定の金額を超える場合には、当該特別修繕引当金勘定の金額）に相当する金額を取り崩さなければならない。
4改正法附則第十五条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条第六項（死亡の場合の特別修繕引当金勘定の金額の処理）に規定する特別修繕引当金勘定の金額を有する個人が死亡した場合におけるその相続人の当該死亡の日の属する年に係る前項の規定の適用については、同項に規定する前年から繰り越された特別修繕引当金勘定の金額は、第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第百六十三条第二項の規定により当該個人の相続人が有するものとみなされた特別修繕引当金勘定の金額を含むものとする。この場合において、当該相続人が有するものとみなされた特別修繕引当金勘定の金額については、前項中「に十二」とあるのは、「に当該死亡の日から同日の属する年の十二月三十一日までの期間の月数」とする。
5第三項（前項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の月数は、暦に従って計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。
個人が、施行日前に新令第百六十七条の六第一項（先物外国為替契約により発生時の外国通貨の円換算額を確定させた外貨建資産・負債の換算等）に規定する外貨建資産・負債の取得又は発生の基因となる外貨建取引（新法第五十七条の三第一項（外貨建取引の換算）に規定する外貨建取引をいう。次項において同じ。）に伴って支払い、又は受け取る外国通貨の金額の円換算額（新法第五十七条の三第一項に規定する円換算額をいう。次項において同じ。）を確定させる新令第百六十七条の六第一項に規定する先物外国為替契約を締結し、かつ、施行日の前日までに当該先物外国為替契約の履行等による決済をしていない場合において、施行日以後に当該外国通貨の支払又は受取を行うときは、当該先物外国為替契約及び当該外国通貨に係る同項の規定の適用については、当該先物外国為替契約は施行日において締結したものとみなす。
2個人が、施行日前に新法第五十七条の三第二項に規定する資産又は負債の金額の円換算額を確定させる同項に規定する先物外国為替契約等を締結し、かつ、施行日の前日までに当該先物外国為替契約等の履行等による決済をしていない場合において、施行日以後に当該資産又は負債の取得又は発生の基因となる外貨建取引を行うときは、当該先物外国為替契約等及び当該資産又は負債に係る同項の規定の適用については、当該先物外国為替契約等は施行日において締結したものとみなす。
新令第二編第一章第四節第四款（減価償却資産の償却）（新令第百二十一条の二（リース賃貸資産の償却の方法の特例）並びに第百三十四条第二項及び第三項（減価償却資産の償却累積額による償却限度額の特例）を除く。）の規定は、個人が施行日以後に取得する減価償却資産（新令第百二十条の二第一項第六号（減価償却資産の償却の方法）に掲げる減価償却資産にあっては、個人が平成二十年四月一日以後に締結する同条第二項第五号に規定する所有権移転外リース取引の契約に係るもの）について適用する。
2新令第百二十一条の二並びに第百三十四条第二項及び第三項の規定は、平成二十年分以後の所得税について適用する。
3個人が、平成十九年分の所得税について、減価償却資産につき選定した償却の方法（その償却の方法を届け出なかった個人がよるべきこととされている新令第百二十五条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法を含む。）を変更しようとする場合（二以上の事業所又は船舶を有する個人で事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定していないものが事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定しようとする場合を含む。）において、平成十九年分の所得税に係る確定申告期限までに、新たな償却の方法、変更しようとする理由その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって新令第百二十四条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
4改正法附則第七十条第十一項、第十四項又は第十八項（個人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける個人に係る新令第百三十三条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却費の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第七十条第十一項、第十四項若しくは第十八項（個人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第十二条の三第一項、第十三条の三若しくは第十四条（第二項に係る部分に限る。）（特定医療用建物の割増償却等）の規定」とする。
新令第百九十二条（工事の請負）の規定は、個人が平成二十一年一月一日以後に着手する同条第一項に規定する工事（改正法附則第四条第二項（工事の請負に係る収入及び費用の帰属時期に関する経過措置）に規定する経過措置工事（以下この項において「経過措置工事」という。）を除く。）について適用し、個人が同日前に着手した旧令第百九十二条第一項（工事の請負）に規定する工事（経過措置工事を含む。）については、なお従前の例による。
2改正法附則第四条第二項に規定する政令で定める工事は、新法第六十六条第一項（工事の請負に係る収入及び費用の帰属時期）に規定する工事であって、平成二十一年十二月三十一日（年の中途において死亡した場合には、その死亡の時）において、その着手の日から六月を経過していないもの（その請負の対価の額が確定していないものを含む。）又はその新令第百九十二条第三項に規定する進行割合が百分の二十に満たないものとする。
3新令第百九十三条（工事進行基準の方法による未収入金）及び第百九十四条第一項（死亡の場合の工事の請負に係る収入及び費用の帰属時期）の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第三百四十四条の二（株式等の範囲から除かれる公社債）の規定は、平成二十八年一月一日以後に行われる新法第二百二十四条の三第二項（株式等の譲渡の対価の受領者等の告知）に規定する株式等の譲渡又は同条第四項に規定する償還金等の交付について適用する。
平成二十六年改正法附則第十条第二項（国内源泉所得等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年旧所得税法第百六十一条（国内源泉所得）の規定の適用については、旧令第二百七十九条から第二百八十八条まで（国内において行なう事業から生ずる所得等）の規定は、なおその効力を有する。
新令第三百十六条第一項（年末調整の不足額の徴収猶予を受けるための手続）の規定は、平成二十九年一月一日以後に同項の規定により提出する申請書について適用し、同日前に旧令第三百十六条第一項（年末調整の不足額の徴収猶予を受けるための手続）の規定により提出した申請書については、なお従前の例による。
新令第二百八十一条第七項（第二号に係る部分に限る。）（国内にある資産の譲渡により生ずる所得）の規定は、施行日以後に行われる同号に規定する株式分配について適用する。
2施行日から平成二十九年九月三十日までの間における新令第二百八十一条第七項（第二号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号ロ中「第二条第十二号の五の二」とあるのは、「第二条第十二号の六」とする。
改正法附則第八条第一項（リース譲渡に係る収入及び費用の帰属の時期に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十五条（延払条件付販売等に係る収入及び費用の帰属時期）（旧法第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定に基づく旧令第百八十八条から第百九十一条まで（延払条件付販売等に係る収入及び費用の帰属時期）（旧令第百八十八条第二項及び第三項、第百八十九条並びに第百九十一条第五項から第八項までの規定を除く。）及び第二百九十二条第一項（第十二号に係る部分に限る。）（恒久的施設帰属所得についての総合課税に係る所得税の課税標準等の計算）の規定は、なおその効力を有する。
2改正法附則第八条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十五条の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第十九条（土地の譲渡等に係る事業所得等の課税の特例）の規定の適用については、同条第四項中「又は第二項」とあるのは「若しくは第二項の規定又は所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第八条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の所得税法（以下この項において「旧効力所得税法」という。）第六十五条第一項」と、「同条の」とあるのは「所得税法第六十五条又は旧効力所得税法第六十五条の」とする。
3個人が施行日前に旧法第六十五条第三項に規定する延払条件付販売等（第六項において「延払条件付販売等」という。）に該当する改正法附則第八条第一項に規定する特定資産の販売等（以下この項及び第六項において「特定資産の販売等」という。）に係る契約をし、かつ、施行日以後に当該特定資産の販売等に係る目的物又は役務の引渡し又は提供をした場合には、同条第一項の規定の適用については、当該特定資産の販売等は、施行日前に行われたものとする。
4改正法附則第八条第三項の規定の適用を受けている個人が死亡した場合において、その個人の事業を相続人が承継したときは、当該相続人のその死亡の日の属する年以後の各年分の事業所得の金額の計算については、当該個人がした同条第四項の記載は当該相続人がしたものとみなして、同条第三項の規定を適用する。この場合において、当該相続人の次の各号に掲げる年分における同項の規定の適用については、当該各号に定めるところによる。
5前項の月数は、暦に従って計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを切り捨てる。
6延払条件付販売等に該当する特定資産の販売等に係る収入金額及び費用の額につき改正法附則第八条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十五条第一項本文の規定の適用を受けている個人が死亡した場合において、その個人の事業を相続人が承継し、かつ、当該相続人が当該特定資産の販売等に係る収入金額及び費用の額につき同項本文の規定の適用を受けなかったときは、当該相続人（改正法附則第八条第二項及び第三項に規定する個人に該当するものを除く。）を改正法附則第八条第二項及び第三項に規定する個人とみなして、これらの規定を適用する。この場合において、当該相続人が平成三十年から令和五年までの各年において当該特定資産の販売等に係る収入金額及び費用の額につき同条第二項第一号に規定する延払基準の方法により経理したときは、当該相続人は、同号に規定する延払基準の方法により経理しなかったものとみなす。
新令第三百四十八条第四項、第三百四十九条第五項及び第三百五十条の規定は、施行日以後に新令第三百四十八条第一項から第三項までの規定による告知をする場合について適用し、施行日前に旧令第三百四十八条第一項から第三項までの規定による告知をした場合については、なお従前の例による。
2新令第三百四十九条第四項の規定は、施行日以後に新令第三百四十八条第一項から第三項までの規定による告知をする場合について適用する。
新令第三百十九条の十二の規定は、令和八年一月一日以後に支払うべき所得税法第二百三条の七に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払うべき同条に規定する公的年金等については、なお従前の例による。
2改正法附則第十条第三項に規定する政令で定める公的年金等は、次に掲げる公的年金等（所得税法第二百三条の二に規定する公的年金等をいう。以下この項において同じ。）とする。
3改正法附則第十条第四項の規定により還付をする場合には、その還付をすべき金額に相当する金額は、同条第三項に規定する特定公的年金等（次項において「特定公的年金等」という。）の支払者が所得税法第二百三条の二の規定により納付すべき金額から控除する。
4前項の規定を適用する場合において、同項に規定する特定公的年金等の支払者が次の各号のいずれかに該当することとなったときは、当該特定公的年金等に係る所得税の所得税法第十七条の規定による納税地（同法第十八条第二項の規定による指定があった場合には、その指定をされた納税地）の所轄税務署長は、改正法附則第十条第四項の規定により還付すべき金額のうちまだ還付されていない金額を同条第三項に規定する居住者に還付する。
5前項の規定の適用を受けようとする同項に規定する支払者は、同項各号のいずれかに該当することとなった旨を記載した書面に、各人別の改正法附則第十条第四項の規定による還付をすべき金額及び当該金額のうちまだ還付をされていない部分の金額その他必要な事項を記載した明細書を添付して、これを前項の税務署長に提出しなければならない。
6改正法附則第十条第三項から第五項までの規定の適用がある場合における所得税法第二条第一項第四十五号の規定の適用については、同号中「第六章まで（源泉徴収）」とあるのは、「第六章まで（源泉徴収）及び所得税法等の一部を改正する法律（令和七年法律第十三号）附則第十条第三項から第五項まで（公的年金等に係る源泉徴収に関する経過措置）」とする。
7第三項から前項までに定めるもののほか、改正法附則第十条第三項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。