新令第三十九条の百二十の八第二項の規定は、新法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額について適用し、旧法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額については、なお従前の例による。
2新令第三十九条の百二十の十一第一項第六号の規定は、新法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額について適用し、旧法第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の三第十三項の規定の適用については、同項第一号に掲げる者には旧租税特別措置法施行令第三十九条の二十の三第十三項第一号に掲げる者を含むものとし、新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の三第十三項第三号に掲げる者には旧租税特別措置法施行令第三十九条の二十の三第十三項第三号に掲げる者（新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の三第十三項第一号及び第二号に掲げる者に該当する者を除く。）を含むものとする。
2租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人（同条第二項第三号に規定する特定外国関係法人又は同項第四号に規定する対象外国関係法人に該当するものに限る。）の各事業年度開始の日前七年以内に開始した事業年度に当該外国関係法人が旧租税特別措置法第六十八条の九十三の二第一項に規定する外国関係法人に該当する事業年度がある場合における新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の三第十七項の規定の適用については、同項第一号中「に規定する特定外国関係法人及び同項第四号」とあるのは「又は所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下この号において「令和二年改正法」という。）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九十三の二第二項第三号に規定する特定外国関係法人及び法第四十条の七第二項第四号又は令和二年改正法第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九十三の二第二項第四号」と、「を含む。）を」とあるのは「及び令和二年改正法第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九十三の二第五項各号に掲げる外国関係法人の区分に応じ当該各号に定める場合に該当する事実があるときのその該当する事業年度を含む。）を」と、「この項」とあるのは「この項又は法人税法施行令等の一部を改正する政令（令和二年政令第二百七号）第三条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の百二十の三第十三項」とする。
3租税特別措置法第六十六条の九の二第二項第七号に規定する部分対象外国関係法人（同項第八号に規定する外国金融関係法人に該当するものを除く。）の各事業年度開始の日前七年以内に開始した事業年度に当該部分対象外国関係法人が旧租税特別措置法第六十八条の九十三の二第一項に規定する外国関係法人に該当する事業年度がある場合における新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の四第二十五項の規定の適用については、同項中「部分対象外国関係法人又は」とあるのは「部分対象外国関係法人、」と、「ものを除く。）に」とあるのは「ものを除く。）又は所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項において「旧租税特別措置法」という。）第六十八条の九十三の二第二項第七号に規定する部分対象外国関係法人（同項第八号に規定する外国金融関係法人に該当するものを除く。）に」と、「を含む」とあるのは「及び旧租税特別措置法第六十八条の九十三の二第十項第一号に該当する事実がある場合のその該当する事業年度を含む」と、「、この項」とあるのは「、この項又は法人税法施行令等の一部を改正する政令（令和二年政令第二百七号）第三条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の百二十の四第二十五項」とする。
4租税特別措置法第六十六条の九の二第八項各号列記以外の部分に規定する部分対象外国関係法人の各事業年度開始の日前七年以内に開始した事業年度に当該部分対象外国関係法人が旧租税特別措置法第六十八条の九十三の二第一項に規定する外国関係法人に該当する事業年度がある場合における新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の五第八項の規定の適用については、同項中「の部分」とあるのは「の部分又は所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下この項において「令和二年改正法」という。）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九十三の二第八項各号列記以外の部分」と、「を含む。）を」とあるのは「及び令和二年改正法第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の九十三の二第十項第一号に該当する事実がある場合のその該当する事業年度を含む。）を」と、「この項」とあるのは「この項又は法人税法施行令等の一部を改正する政令（令和二年政令第二百七号）第三条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の百二十の五第八項」とする。
5前条第十五項の規定は、内国法人がその内国法人に係る租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する外国関係法人の所得に対して課された外国法人税の額（新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の七第三項に規定する外国法人税の額をいう。以下この項において同じ。）につき旧租税特別措置法第六十八条の九十三の三第一項（同条第二項の規定によりみなして適用する場合を含む。）の規定の適用を受けた場合において、その適用を受けた連結事業年度開始の日後七年以内に開始するその内国法人の各事業年度において当該外国法人税の額が減額されたときについて準用する。この場合において、前条第十五項中「第六十八条の九十一第一項」とあるのは、「第六十八条の九十三の三第一項」と読み替えるものとする。
6前条第十七項の規定は、改正法附則第百二十七条第一項に規定する政令で定めるとき及び同項に規定する政令で定める金額について準用する。
7新租税特別措置法施行令第三十九条の二十の八第五項の規定の適用については、同項第一号に規定する課税対象金額等には、同号に規定する他の外国法人の旧租税特別措置法第六十八条の九十三の二第一項に規定する個別課税対象金額、同条第六項に規定する個別部分課税対象金額又は同条第八項に規定する個別金融関係法人部分課税対象金額（新租税特別措置法第六十六条の九の四第九項第一号の内国法人の旧租税特別措置法第六十六条の九の四第十項第一号に規定する前二年以内の各事業年度等の連結所得の金額の計算上益金の額に算入されたものに限る。）を含むものとする。