新租税特別措置法第六十五条の四第一項第八号又は第十五号の規定は、法人が昭和六十二年十月一日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡で同項第八号又は第十五号に掲げる場合に該当するものに係る法人税について適用し、法人が同日前に行つた旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡で同項第八号に掲げる場合に該当するものに係る法人税については、なお従前の例による。
2新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十号及び第十六号の規定は、法人が昭和六十二年十月一日以後に行うこれらの規定の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行つた旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十号及び第十六号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
個人の有する土地等（租税特別措置法第三十四条第一項に規定する土地等をいう。以下同じ。）が旧中小企業事業団法第二十一条第一項第二号に規定する中小企業構造の高度化に寄与する事業の用に供する土地の造成に関する事業（以下「高度化事業用土地造成事業」という。）で、前条の規定による改正前の租税特別措置法第三十四条の二第二項第十二号の規定により都道府県知事が指定したものの用に供するために買い取られる場合（以下「改正前の第十二号に掲げる場合」という。）に該当することとなった場合には、改正前の第十二号に掲げる場合を租税特別措置法第三十四条の二第一項に規定する特定住宅地造成事業等のために買い取られる場合とみなして同項の規定を適用する。
2法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。）の有する土地等が高度化事業用土地造成事業で、前条の規定による改正前の租税特別措置法第六十五条の四第一項第十二号の規定により都道府県知事が指定したものの用に供するために買い取られる場合に該当することとなった場合には、その場合及び当該土地等を、それぞれ、租税特別措置法第六十五条の四第一項各号に掲げる場合に該当することとなった場合及び当該各号に該当することとなった土地等とみなして同項の規定を適用する。
3第一項の規定の適用がある場合における経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号）第六条の規定の適用については、同法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは「規定、」と、「第二条の規定」とあるのは「第二条の規定並びに中小企業総合事業団法（平成十一年法律第十九号）附則第五十条第一項の規定」とする。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の四十三の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得する同条第一項に規定する特定株式等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得した旧租税特別措置法第六十八条の四十三第一項に規定する特定株式等については、なお従前の例による。
2新租税特別措置法第六十八条の四十七第一項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に受けた新租税特別措置法第五十六条第一項に規定する認定に係る新租税特別措置法第六十八条の四十七第一項に規定する整備事業計画に定められた同項に規定する特定都市鉄道工事に係る同項の規定の適用については、同項第二号中「十分の四」とあるのは、「二分の一」とする。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧租税特別措置法第六十八条の八十六第一項に規定する特定共同出資により施行日前に取得した同項の株式又は出資については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条（第一項に係る部分に限る。）の規定は、附則第一条第五号に定める日以後にされる同項後段に規定する財産の贈与又は遺贈について適用し、同日前にされた旧租税特別措置法第四十条第一項後段に規定する財産の贈与又は遺贈については、なお従前の例による。
2新租税特別措置法第四十条（第一項に係る部分を除く。）の規定は、附則第一条第五号に定める日以後にされる新租税特別措置法第四十条第二項又は第三項の規定による同条第一項後段の承認の取消しについて適用し、同日前にされた旧租税特別措置法第四十条第二項の規定による同条第一項後段の承認の取消しについては、なお従前の例による。
3特例民法法人である新租税特別措置法第四十条第三項に規定する公益法人等が一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条において「整備法」という。）第四十四条の認定を受けた場合又は整備法第四十五条の認可を受けた場合には、当該認定又は認可を受けた日から一月以内に、政令で定めるところにより、当該公益法人等の名称及び所在地その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出しなければならない。
4前項に規定する特例民法法人とは、旧租税特別措置法第四十条第一項に規定する民法第三十四条の規定により設立された法人であって整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものにあっては、法人税法第二条第九号の二イに掲げるものに該当するものに限る。）をいう。
新租税特別措置法第六十七条の十六の規定は、同条第一項の外国法人が施行日以後に有する法人税法第百三十八条に規定する国内源泉所得について適用する。
新租税特別措置法第九条の四の二の規定は、平成二十二年六月一日以後の同条第一項に規定する上場証券投資信託等の終了又は一部の解約について適用し、同日前の旧租税特別措置法第九条の四の二第一項に規定する上場証券投資信託の終了又は一部の解約については、なお従前の例による。
別段の定めがあるものを除き、新租税特別措置法第三章の規定は、法人の平成二十三年四月一日以後に開始する事業年度（施行日前に終了する事業年度を除く。）分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同年四月一日以後に開始する連結事業年度（施行日前に終了する連結事業年度を除く。）分の法人税について適用し、法人の同年四月一日前に開始した事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する事業年度を含む。）分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同年四月一日前に開始した連結事業年度（同日以後に開始し、かつ、施行日前に終了する連結事業年度を含む。）分の法人税については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第二十条の二第一項の表の各号の上欄に掲げる個人の平成二十五年以後の各年分の事業所得の金額の計算については、同条（第三項から第六項まで及び第八項に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
2旧租税特別措置法第二十条の四第一項に規定する個人が平成二十五年一月一日において同条第三項に規定する特別修繕準備金の金額（同条第一項第二号から第四号までに掲げる固定資産について行う同項第二号から第四号までに定める修繕に係るものに限る。）を有する場合には、同年から平成二十八年までの各年（当該個人が所得税法等の一部を改正する等の法律（平成二十九年法律第四号）第十二条の規定による改正後の租税特別措置法第十条第八項第五号に規定する中小事業者（以下この条において「中小事業者」という。）である場合には、平成二十五年から平成三十四年までの各年）において、当該特別修繕準備金の金額の四分の一（当該個人が中小事業者である場合には、十分の一）に相当する金額（次項において「四年等均等取崩金額」という。）を、当該各年分の不動産所得の金額又は事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
3前項の場合において、四年等均等取崩金額がその年の十二月三十一日における特別修繕準備金の金額（その日までに同項に規定する特別修繕準備金の金額に次項の規定により総収入金額に算入された、若しくは算入されるべきこととなった金額又はその年の前年の十二月三十一日までに前項の規定により総収入金額に算入された金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この条において同じ。）を超えるときは、当該四年等均等取崩金額は、当該特別修繕準備金の金額とする。
4第二項の規定の適用を受ける個人が次の各号に掲げる場合に該当することとなった場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなった日の属する年分の不動産所得の金額又は事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
5第二項の規定の適用を受ける個人が、平成二十五年から平成二十七年までの各年（当該個人が中小事業者である場合には、平成二十五年から平成三十三年までの各年）に青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた年の翌年である場合には、そのやめた年の十二月三十一日）における特別修繕準備金の金額は、政令で定めるところにより、その日の属する年分及びその翌年分の不動産所得の金額又は事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。この場合において、当該特別修繕準備金の金額については、第二項及び前項の規定は、適用しない。
6旧租税特別措置法第二十条第六項から第八項までの規定は、平成二十五年から平成二十八年までの各年（当該個人が中小事業者である場合には、平成二十五年から平成三十四年までの各年）において第二項の特別修繕準備金の金額を有する個人の死亡により当該個人の相続人が同項の特別修繕準備金に係る事業を承継した場合について準用する。
施行日前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
2新租税特別措置法第九十条の八の二第二項若しくは第三項又は第九十条の九第二項から第五項までの規定の適用がある場合を除き、次の表の上欄に掲げる航空機が施行日以後最初に航行する時において、当該航空機に同表の中欄に掲げる規定に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、同表の下欄に掲げる規定に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する航空機燃料税法（昭和四十七年法律第七号）の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
新租税特別措置法第三十七条の十五の規定は、個人が平成二十八年一月一日以後に行う同条第一項に規定する貸付信託の受益権等の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧租税特別措置法第三十七条の十五第一項第一号に規定する公社債等の譲渡及び同日前の同項第二号に規定する公社債投資信託等の終了又は一部の解約については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第十条第六項の規定は、平成二十七年分以後の所得税について適用し、平成二十六年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第三十条の二第一項の規定は、個人が施行日以後に行う同項に規定する伐採又は譲渡について適用し、個人が施行日前に行った旧租税特別措置法第三十条の二第一項に規定する伐採又は譲渡については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十二条の十一の二第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定する特定事業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の十一の二第一項に規定する特定事業用機械等については、なお従前の例による。
法人が施行日前に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下第六項までにおいて同じ。）をした旧租税特別措置法第四十三条第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2新租税特別措置法第四十三条の三第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同条第一項に規定する被災代替資産等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条の三第一項に規定する被災代替資産等については、なお従前の例による。
3新租税特別措置法第四十四条の二第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同条第一項に規定する特定事業継続力強化設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十四条の二第一項に規定する特定事業継続力強化設備等については、なお従前の例による。
4施行日から附則第一条第十一号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十四条の二第一項の規定の適用については、同項中「第五十六条第一項」とあるのは、「第五十条第一項」とする。
5法人が令和三年十二月三十一日以前に取得等をした旧租税特別措置法第四十五条第一項の表の第一号の第三欄に掲げる減価償却資産については、同条（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同号の第一欄中「過疎地域自立促進特別措置法」とあるのは、「令和三年三月三十一日における旧過疎地域自立促進特別措置法」とする。
6新租税特別措置法第四十五条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項の表の第一号から第三号までの第三欄に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十五条第一項の表の第二号から第四号までの第三欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
7施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第四十五条第一項の規定の適用については、同項中「第四十二条の十二の六第一項」とあるのは、「第四十二条の十二の五の二第一項」とする。
8法人が施行日前に旧租税特別措置法第四十五条第二項に規定する取得等をした同項に規定する産業振興機械等については、同条（同項の表の第四号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第三項中「連結事業年度」とあるのは「連結事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第十六条の規定による改正前の租税特別措置法第二条第二項第十九号に規定する連結事業年度をいう。）」と、「第六十八条の二十七第二項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和三年法律第十一号）附則第六十六条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第七条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の二十七第二項」とする。
9施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第五十二条の二の規定の適用については、同条第一項中「減価償却資産又は繰延資産で、」とあるのは、「減価償却資産で」とする。
10施行日から附則第一条第十号に定める日の前日までの間における新租税特別措置法第五十三条の規定の適用については、同条第二項中「又は繰延資産の額のうち」とあるのは「のうち」と、「又は繰延資産について」とあるのは「について」とする。
新租税特別措置法第六十八条の二の規定は、施行日以後に行われる同条各号に掲げる合併について適用し、施行日前に行われた旧租税特別措置法第六十八条の二各号に掲げる合併については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の十三の規定は、法人が施行日以後に取得する株式について適用し、法人が施行日前に取得した株式については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十一条第一項の規定は、施行日以後に同項の指定を受ける租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（新租税特別措置法第六十一条第一項の指定に係る国家戦略特別区域法（平成二十五年法律第百七号）第二十七条の三の認定区域計画に定められている同条に規定する特定事業の実施に関する計画として財務省令で定める計画を施行日前に同法第七条第一項第一号に規定する国家戦略特別区域担当大臣に提出したもの（以下この条において「経過内国法人」という。）を除く。）の各事業年度分の法人税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十一条第一項の指定を受けた租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（経過内国法人を含む。）の各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
2新租税特別措置法第六十一条第五項の規定は、施行日以後に同条第一項の指定を受ける租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（経過内国法人を除く。）の新租税特別措置法第六十一条第五項に規定する適用事業年度において同条第一項の規定により損金の額に算入した金額について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十一条第一項の指定を受けた同号に規定する内国法人（経過内国法人を含む。）の同条第五項に規定する適用事業年度において同条第一項の規定により損金の額に算入した金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の六第一項、第六項、第八項及び第十一項の規定は、同条第一項各号に掲げる内国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る新適用対象金額等（同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の令和七年二月一日以後に終了する事業年度に係るものに限る。）について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額については、なお従前の例による。
2旧租税特別措置法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日前に開始した事業年度に係る旧適用対象金額等（同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第二項第一号に規定する外国関係会社の令和六年十二月一日から令和七年一月三十一日までの間に終了する事業年度（当該事業年度終了の日の翌日から四月を経過する日を含む当該内国法人の事業年度が施行日以後に開始するものである場合に限る。）に係るものに限る。）については、前項の規定にかかわらず、新租税特別措置法第六十六条の六の規定を適用することができる。
3新租税特別措置法第六十六条の九の二第一項、第六項、第八項及び第十一項の規定は、同条第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る新適用対象金額等（同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第一項に規定する外国関係法人の令和七年二月一日以後に終了する事業年度に係るものに限る。）について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額については、なお従前の例による。
4旧租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日前に開始した事業年度に係る旧適用対象金額等（同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額をいい、当該内国法人に係る同条第一項に規定する外国関係法人の令和六年十二月一日から令和七年一月三十一日までの間に終了する事業年度（当該事業年度終了の日の翌日から四月を経過する日を含む当該内国法人の事業年度が施行日以後に開始するものである場合に限る。）に係るものに限る。）については、前項の規定にかかわらず、新租税特別措置法第六十六条の九の二の規定を適用することができる。
別段の定めがあるものを除き、新租税特別措置法第三章の規定は、法人（租税特別措置法第二条第二項第二号に規定する人格のない社団等を含む。以下附則第六十二条までにおいて同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。