第十二条の規定の施行前に課した、又は課すべきであった石油税については、なお従前の例による。
2第十二条の規定の施行前に旧租税特別措置法第九十条の四第一項の規定により石油税の免除を受けた原油、石油製品又はガス状炭化水素は、第十二条の規定の施行後に新租税特別措置法第九十条の四第一項の規定により石油石炭税の免除を受けたものとみなして、同条第五項の規定を適用する。
3第十二条の規定の施行前にした行為及び第一項の規定によりなお従前の例によることとされる石油税に係る同条の規定の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の十六第一項（同項の表の第一号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第六十八条の十六第一項の表の第二号又は第四号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
3新租税特別措置法第六十八条の十九第一項（同項の表の第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする同号の第三欄に掲げる減価償却資産について適用する。
4連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第六十八条の二十の二第一項に規定する開発研究用設備については、なお従前の例による。
5新租税特別措置法第六十八条の二十三第一項（同項の表の第一号又は第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成十八年六月一日以後に取得等をする同表の第一号又は第二号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得等をした旧租税特別措置法第六十八条の二十三第一項の表の第一号又は第二号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
6連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第六十八条の二十四第一項の表の第四号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
7新租税特別措置法第六十八条の二十六第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する再商品化設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第六十八条の二十六第一項に規定する再商品化設備等については、なお従前の例による。
8新租税特別措置法第六十八条の三十一第二項（同項の表の第五号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする同号の中欄に掲げる減価償却資産について適用する。
9新租税特別措置法第六十八条の三十一第三項第三号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
10旧租税特別措置法第六十八条の三十二第一項第二号に規定する共同改善計画につき同号の認定を施行日前に受けた連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の有する同号に定める減価償却資産については、同条（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
11旧租税特別措置法第六十八条の三十三第一項に規定する改善計画につき同項の認定を施行日前に受けた連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の有する同項に規定する漁船については、同条の規定は、なおその効力を有する。
12新租税特別措置法第六十八条の三十四（第一項に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十号に定める日以後に取得又は新築をする同項に規定する中心市街地優良賃貸住宅について適用する。
13連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成十八年三月三十一日以前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第六十八条の三十四第一項に規定する特定優良賃貸住宅については、同条（同項に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第二項中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
附則第三条から前条までに規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
旧租税特別措置法第八十六条の四第一項に規定する普通乗用自動車で、同項に規定する期間内に国内において譲渡が行われたもの又は保税地域から引き取られたものに係る消費税については、なお従前の例による。
2旧租税特別措置法第八十六条の五第一項に規定する事業者の同項に規定する期間内に終了した同項の課税期間に係る消費税については、なお従前の例による。
3新租税特別措置法第八十六条の五の規定は、信託法施行日以後に効力が生ずる第六条の規定による改正後の消費税法第十五条第一項に規定する法人課税信託（遺言によってされた信託に該当するものにあっては信託法施行日以後に遺言がされたものに限り、新法信託に該当するものを含む。）について適用する。
施行日から平成二十八年三月三十一日までの間における新租税特別措置法第九十条の三の四第一項の規定の適用については、同項中「第九十条の三の二第一号」とあるのは、「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第四十三条第三項第一号」とする。