平成十五年七月一日前に製造たばこの製造場から移出された製造たばこで、たばこ税法第十二条第三項（同法第十四条第三項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の届出又は承認に係るもの（当該届出又は承認に係る同法第十二条第三項各号に掲げる日が平成十五年七月一日以後に到来するものに限る。）について、同法第十二条第三項各号に掲げる日までに同項に規定する書類が提出されなかった場合における当該製造たばこに係るたばこ税の税率は、新租税特別措置法第八十八条第二項又は第四項の税率とする。
新租税特別措置法第六十八条の九の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下附則第百四十九条までにおいて同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
2連結親法人若しくは当該連結親法人の新租税特別措置法第六十八条の九第三項若しくは第七項の規定の適用を受けようとする連結事業年度終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（同条第一項に規定する試験研究費の額をいう。以下この項において同じ。）又は当該連結親法人若しくは当該連結親法人の同条第三項若しくは第七項に規定する前連結事業年度（以下この項において「前連結事業年度」という。）終了の時において当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の前連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうち、旧租税特別措置法第六十八条の二十の二第一項に規定する開発研究用設備の償却費として損金の額に算入された金額がある場合における新租税特別措置法第六十八条の九第三項又は第七項の規定の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
新租税特別措置法第六十八条の百十第二項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が信託法施行日以後に受けるべき同項に規定する外国特定目的信託の利益の分配の額（信託法施行日以後に効力が生ずる新租税特別措置法第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託（新法信託を含む。）に係るものに限る。）について適用する。
施行日前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十条の二の規定は、同条に規定する経営強化計画又は変更後の経営強化計画が施行日以後に提出される場合における同条各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、旧租税特別措置法第八十条の二第一項に規定する認定経営基盤強化計画又は同条第二項第一号に規定する経営強化計画若しくは同項第二号に規定する変更後の経営強化計画が施行日前に提出された場合における同条第一項各号（同条第二項において準用する場合を含む。）に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
2施行日前に新関西国際空港株式会社が旧租税特別措置法第八十二条に規定する土地の買入れを行った場合における当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
四年新措置法第六十七条の四の規定の適用については、同条第六項第一号に規定する特別勘定の金額には、連結事業年度において設けた四年旧措置法第六十八条の百二第四項の特別勘定の金額（既に益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額）を含むものとする。
2四年新措置法第六十七条の四の規定の適用については、同条第七項及び第九項から第十一項までの特別勘定には、連結事業年度において設けた四年旧措置法第六十八条の百二第四項の特別勘定を含むものとする。
3四年新措置法第六十七条の四第十四項の規定の適用については、同項に規定する固定資産には、四年旧措置法第六十八条の百二第二項（同条第十項において準用する場合を含む。）又は同条第三項（同条第十一項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受けた四年新措置法第二条第二項第二十三号に規定する固定資産を含むものとする。