改正法附則第九条の規定により改正法第二条の規定による改正後の食品衛生法（昭和二十二年法律第二百三十三号）第十三条第一項の承認を受けたものとみなされた者の当該承認に係るこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）後の最初の更新については、第一条の規定による改正後の食品衛生法施行令（以下「新令」という。）第二条の規定中「三年」とあるのは、「改正法第二条の規定による改正前の食品衛生法第七条の三第一項の承認を受けた日から三年（平成十四年二月二十六日以前に当該承認を受けた者については、平成十六年二月二十七日から平成十七年二月二十六日までの間において当該承認を受けた日に応当する日から六月）」とする。
第四条の規定の施行の日から起算して一年を超えない期間内において、同条の規定による改正後の食品衛生法施行令第八条第一項の規定に基づく都道府県、保健所を設置する市（地域保健法（昭和二十二年法律第百一号）第五条第一項の規定に基づく政令で定める市をいう。以下同じ。）又は特別区の条例が制定施行されるまでの間は、同令第八条第二項に規定する厚生労働省令で定める基準は、当該都道府県、保健所を設置する市又は特別区の条例で定める基準とみなす。
この政令の施行の際現に改正法第二条の規定による改正前の食品衛生法（以下この条において「旧法」という。）第五十二条第一項の許可を受けて第一条の規定による改正前の食品衛生法施行令（次項において「旧施行令」という。）第三十五条各号の営業（第一条の規定による改正後の食品衛生法施行令第三十五条各号の営業のいずれかに該当する営業に限る。）を行っている者は、当該許可に係る旧法第五十二条第三項の有効期間の満了の日までの間は、なお従前の例により当該営業を行うことができる。
2この政令の施行の際現に旧法第五十二条第一項の許可を受けて旧施行令第三十五条第二十三号及び第二十四号の営業を同一の施設において行っている者又は同条第二十五号及び第二十六号の営業を同一の施設において行っている者は、前項の規定にかかわらず、当該者が行っている当該それぞれの営業の許可に係る旧法第五十二条第三項の有効期間が満了する日のうちいずれか遅い日までの間は、なお従前の例により当該それぞれの営業を行うことができる。