厚生労働大臣は、と畜場の衛生的な管理その他公衆衛生上必要な措置（次項において「公衆衛生上必要な措置」という。）について、厚生労働省令で、次に掲げる事項に関する基準を定めるものとする。
2と畜場の設置者又は管理者は、前項の規定による基準に従い、厚生労働省令で定めるところにより公衆衛生上必要な措置を定め、これを遵守しなければならない。
この法律の施行の際現にと畜場の衛生管理の業務に従事している者その他その者に準ずるものとして厚生労働省令で定める者であって、平成九年四月一日以降において三年以上と畜場の衛生管理の業務に従事した経験を有するものは、この法律の施行の日から三年間は、第五条の規定による改正後のと畜場法（次条において「新と畜場法」という。）第七条第五項の規定にかかわらず、同条第一項に規定する衛生管理責任者となることができる。
この法律による改正前の法律の規定により不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為を経た後でなければ訴えを提起できないこととされる事項であって、当該不服申立てを提起しないでこの法律の施行前にこれを提起すべき期間を経過したもの（当該不服申立てが他の不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為を経た後でなければ提起できないとされる場合にあっては、当該他の不服申立てを提起しないでこの法律の施行前にこれを提起すべき期間を経過したものを含む。）の訴えの提起については、なお従前の例による。
2この法律の規定による改正前の法律の規定（前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合を含む。）により異議申立てが提起された処分その他の行為であって、この法律の規定による改正後の法律の規定により審査請求に対する裁決を経た後でなければ取消しの訴えを提起することができないこととされるものの取消しの訴えの提起については、なお従前の例による。
3不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為の取消しの訴えであって、この法律の施行前に提起されたものについては、なお従前の例による。
第三条の規定（附則第一条第三号に掲げる改正規定を除く。以下この項において同じ。）による改正後のと畜場法（次項及び附則第十一条第一項第二号において「新と畜場法」という。）第六条第二項に規定する公衆衛生上必要な措置については、施行日から起算して一年間は、第三条の規定による改正前のと畜場法（次項において「旧と畜場法」という。）第六条の規定により定められた基準によることとする。
2新と畜場法第九条第二項に規定する公衆衛生上必要な措置については、施行日から起算して一年間は、旧と畜場法第九条の規定により定められた基準によることとする。