この法律（附則第一条各号に掲げる規定については、当該各規定。以下この条及び附則第八条において同じ。）の施行前に改正前のそれぞれの法律の規定によりされた許可等の処分その他の行為（以下この条において「処分等の行為」という。）又はこの法律の施行の際現に改正前のそれぞれの法律の規定によりされている許可等の申請その他の行為（以下この条において「申請等の行為」という。）でこの法律の施行の日においてこれらの行為に係る行政事務を行うべき者が異なることとなるものは、附則第二条から前条までの規定又は改正後のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）の経過措置に関する規定に定めるものを除き、この法律の施行の日以後における改正後のそれぞれの法律の適用については、改正後のそれぞれの法律の相当規定によりされた処分等の行為又は申請等の行為とみなす。
この法律の規定（第一条を除く。）による改正後の規定は、平成十七年度以降の年度の予算に係る国又は都道府県の負担（平成十六年度以前の年度における事務又は事業の実施により平成十七年度以降の年度に支出される国又は都道府県の負担を除く。）について適用し、平成十六年度以前の年度における事務又は事業の実施により平成十七年度以降の年度に支出される国又は都道府県の負担については、なお従前の例による。
この法律の施行前に行われた第三条の規定による改正前の身体障害者福祉法（以下「旧身体障害者福祉法」という。）第五十一条第一項の規定による国の貸付けについては、同条第五項の規定は、この法律の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第一項」とあるのは「国の補助金等の整理及び合理化等に伴う児童手当法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第二十号）第三条の規定による改正前の身体障害者福祉法（以下「旧身体障害者福祉法」という。）第五十一条第一項」と、「第三十七条の二」とあるのは「旧身体障害者福祉法第三十七条の二」とする。
2第三条の規定による改正後の身体障害者福祉法（以下「新身体障害者福祉法」という。）第五十一条第二項、第三項及び第五項の規定は、国がこの法律の施行前に貸し付けた旧身体障害者福祉法第五十一条第一項の貸付金についても、適用する。この場合において、新身体障害者福祉法第五十一条第二項中「前項」とあるのは「国の補助金等の整理及び合理化等に伴う児童手当法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第二十号。第五項において「一部改正法」という。）第三条の規定による改正前の身体障害者福祉法（以下「旧身体障害者福祉法」という。）第五十一条第一項」と、同条第三項中「第一項」とあるのは「旧身体障害者福祉法第五十一条第一項」と、同条第五項中「都道府県又は指定都市等」とあるのは「市町村又は都道府県」と、「第一項」とあるのは「旧身体障害者福祉法第五十一条第一項」と、「前項」とあるのは「一部改正法附則第六条第一項の規定によりなおその効力を有することとされた旧身体障害者福祉法第五十一条第五項」とする。
第八条の規定による改正後の身体障害者福祉法第三十八条第三項の規定は、施行日以後に要することとなった身体障害者福祉法第三十五条第三号（同法第十八条の規定により市町村が行う行政措置に要する費用に係る部分に限る。）又は第三十六条の二に規定する費用の同法第三十八条第一項又は第二項の規定による徴収について適用する。