東日本大震災復興特別区域法（以下「法」という。）第二条第三項第三号の内閣府令で定める事業は、次に掲げるものとする。
この庁令の施行の際現にあるこの庁令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この庁令による改正後の様式によるものとみなす。
2この庁令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
この庁令の施行の日（以下この条において「施行日」という。）前に復興庁設置法等の一部を改正する法律（令和二年法律第四十六号。以下この条において「復興庁設置法等改正法」という。）第二条の規定による改正前の東日本大震災復興特別区域法（以下この条において「旧復興特区法」という。）第四条第一項に規定する復興推進計画（その全部又は一部の区域が岩手県、宮城県又は福島県の区域である同項に規定する特定地方公共団体により作成されたもの（単独で作成されたものにあっては、岩手県又は仙台市により作成されたものに限る。）に限る。以下この条において「旧復興推進計画」という。）に基づく旧復興特区法第三十七条第一項の指定（以下この項において「旧指定」という。）を受けた個人事業者又は法人が、当該旧復興推進計画を作成した旧復興特区法第四条第一項に規定する特定地方公共団体のうち復興庁設置法等改正法第二条の規定による改正後の東日本大震災復興特別区域法（以下この条において「新復興特区法」という。）第四条第一項に規定する特定地方公共団体に相当するものが作成する同項に規定する復興推進計画に基づく新復興特区法第三十七条第一項の指定を受けるために施行日以後に東日本大震災復興特別区域法施行規則第十条の規定により当該指定の申請をしようとする場合（その申請に係る同令第八条第一項第一号に規定する指定事業者事業実施計画が当該旧指定に係る同号に規定する指定事業者事業実施計画と同一性を失わない範囲のものである場合に限る。）における同令第十条の規定の適用については、同条第一項中「申請書に、当該個人事業者又は法人の次に掲げる書類を添えて、これらを」とあるのは「申請書を令和三年四月一日から相当な期間内に」と、同条第五項中「指定の日」とあるのは「東日本大震災復興特別区域法施行規則及び福島復興再生特別措置法施行規則の一部を改正する庁令（令和三年復興庁令第一号）附則第二条第一項に規定する旧復興推進計画（第八項において「旧復興推進計画」という。）に基づく指定の日」と、同条第八項中「第三項の規定による指定の日」とあるのは「旧復興推進計画に基づく指定の日」とする。
2施行日前に旧復興推進計画に基づく旧復興特区法第三十九条第一項の指定（以下この項において「旧指定」という。）を受けた個人事業者又は法人が、当該旧復興推進計画を作成した旧復興特区法第四条第一項に規定する特定地方公共団体のうち新復興特区法第四条第一項に規定する特定地方公共団体に相当するものが作成する同項に規定する復興推進計画に基づく新復興特区法第三十九条第一項の指定を受けるために施行日以後に東日本大震災復興特別区域法施行規則第十六条の規定により当該指定の申請をしようとする場合（その申請に係る同令第十四条第一号に規定する指定事業者事業実施計画が当該旧指定に係る同号に規定する指定事業者事業実施計画と同一性を失わない範囲のものである場合に限る。）における同令第十六条の規定の適用については、同条第一項中「申請書に、当該個人事業者又は法人の次に掲げる書類を添えて、これらを」とあるのは「申請書を令和三年四月一日から相当な期間内に」と、同条第五項中「指定の日」とあるのは「東日本大震災復興特別区域法施行規則及び福島復興再生特別措置法施行規則の一部を改正する庁令（令和三年復興庁令第一号）附則第二条第一項に規定する旧復興推進計画（第八項において「旧復興推進計画」という。）に基づく指定の日」と、同条第八項中「第三項の規定による指定の日」とあるのは「旧復興推進計画に基づく指定の日」とする。
第一条の規定による改正後の東日本大震災復興特別区域法施行規則（以下「新規則」という。）第十七条第一項の規定及び別記様式第五の六は、法人のこの庁令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号。以下「令和二年改正法」という。）第二十三条の規定による改正前の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号。以下「旧震災特例法」という。）第二条第三項第三十三号に規定する連結子法人（以下「連結子法人」という。）の連結親法人事業年度（令和二年改正法第三条の規定による改正前の法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。）が施行日前に開始した事業年度（以下「旧事業年度」という。）を除く。）においてされる指定（東日本大震災復興特別区域法第四十条第一項に規定する指定をいう。次項において同じ。）について適用する。
2法人の施行日前に開始した事業年度（旧事業年度を含む。）及び連結親法人（旧震災特例法第二条第三項第七号に規定する連結親法人をいう。以下同じ。）又は当該連結親法人による連結完全支配関係（同項第十三号に規定する連結完全支配関係をいう。以下同じ。）にある連結子法人の連結事業年度（同項第五号に規定する連結事業年度をいう。以下同じ。）においてされる指定については、第一条の規定による改正前の東日本大震災復興特別区域法施行規則（以下「旧規則」という。）第十七条第一項の規定及び別記様式第五の六は、なおその効力を有する。
3新規則別記様式第二の一は、東日本大震災復興特別区域法第三十七条第一項に規定する指定事業者（以下「指定事業者」という。）の令和五年以後の各年又は施行日以後に開始する事業年度（旧事業年度を除く。）に係る同条第二項の規定による報告について適用する。
4指定事業者の令和四年以前の各年、施行日前に開始した事業年度（旧事業年度を含む。）又は連結事業年度に係る東日本大震災復興特別区域法第三十七条第二項の規定による報告については、旧規則別記様式第二の一は、なおその効力を有する。
5新規則別記様式第二の四は、個人事業者が令和五年以後の各年において東日本大震災の被災者等に係る国税関係の臨時特例に関する法律（以下「震災特例法」という。）第十条第一項又は第三項の規定の適用を受けようとする場合及び法人が施行日以後に開始する事業年度（旧事業年度を除く。）において震災特例法第十七条の二第一項又は第二項の規定の適用を受けようとする場合におけるこれらの適用に係る指定（東日本大震災復興特別区域法第三十七条第一項に規定する指定をいう。次項及び第七項において同じ。）の申請について適用する。
6個人事業者が令和四年以前の各年において震災特例法第十条第一項又は第三項の規定の適用を受けようとする場合、法人が施行日前に開始した事業年度（旧事業年度を含む。）において震災特例法第十七条の二第一項又は第二項の規定の適用を受けようとする場合及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が連結事業年度において旧震災特例法第二十五条の二第一項又は第二項の規定の適用を受けようとする場合におけるこれらの適用に係る指定の申請については、旧規則別記様式第二の四は、なおその効力を有する。
7個人事業者又は法人が施行日前に旧規則別記様式第二の四により行った指定の申請で、当該個人事業者が令和五年以後の各年において震災特例法第十条第一項若しくは第三項の規定の適用を受けようとする場合又は当該法人が施行日以後に開始する事業年度（旧事業年度を除く。）において震災特例法第十七条の二第一項若しくは第二項の規定の適用を受けようとする場合におけるこれらの適用に係るものは、新規則別記様式第二の四によりされた申請とみなす。