信用基金が行う法第十二条第一項及び第三項に規定する業務に係る会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
2金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
3平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
法附則第三条第一項の規定により信用基金が農林漁業信用基金の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、法附則第五条の規定による廃止前の農林漁業信用基金法（昭和六十二年法律第七十九号。以下「旧信用基金法」という。）第三十六条第一項の農業保険資金及び同条第二項の農業融資資金に充てられている政府の交付金の額に相当する金額は、第四条第一項及び第二項の規定にかかわらず、それぞれ、同条第一項の農業保険資金及び同条第二項の農業融資資金に充てなければならない。
2前項の交付金については、資本剰余金として計上し、政府交付金の科目をもって整理するものとする。
この省令による改正後の独立行政法人農林漁業信用基金の農業信用保険業務、林業信用保証業務及び漁業信用保険業務に係る財務及び会計に関する省令第十一条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。