機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中長期計画については、機構の成立後遅滞なく）、文部科学大臣に提出しなければならない。
2機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
機構の成立の際機構法附則第五条第二項の規定により機構に出資されたものとされる財産のうち償却資産については、第九条第一項の指定があったものとみなす。
3通則法改正法附則第八条第一項の規定により旧通則法第二十九条第一項の中期目標が新通則法第三十五条の四第一項の規定により指示した同項の中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの省令の規定中「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」と、「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が旧通則法第二十九条第二項第三号」とする。
この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書については、なお従前の例による。
この省令による改正後の国立研究開発法人物質・材料研究機構に関する省令第十条及び第十一条の二、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令第六条及び第七条の二並びに国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第十一条の二の規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表について適用し、同日前に開始する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。