環境大臣は、動物の愛護及び管理に関する施策を総合的に推進するための基本的な指針（以下「基本指針」という。）を定めなければならない。
2基本指針には、次の事項を定めるものとする。
3環境大臣は、基本指針を定め、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議しなければならない。
4環境大臣は、基本指針を定め、又はこれを変更したときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
この法律の施行の際現に旧法第十六条の規定に基づく条例の規定による許可を受けて新法第二十六条第一項に規定する特定動物（以下単に「特定動物」という。）の飼養又は保管を行っている者は、施行日から一年間（当該期間内に同項の許可に係る申請について不許可の処分があったときは、当該処分のあった日までの間）は、同項の許可を受けないでも、引き続き当該特定動物の飼養又は保管を行うことができる。その者がその期間内に当該許可の申請をした場合において、その期間を経過したときは、その申請について許可又は不許可の処分があるまでの間も、同様とする。
2前項の規定は、同項の規定により引き続き特定動物の飼養又は保管を行うことができる者が当該特定動物の飼養又は保管のための施設の構造又は規模の変更（環境省令で定める軽微なものを除く。）をする場合その他環境省令で定める場合には、適用しない。
3第一項の規定により引き続き特定動物の飼養又は保管を行うことができる場合においては、その者を当該特定動物の飼養又は保管のための施設の所在地を管轄する都道府県知事の許可を受けた者とみなして、新法第三十一条、第三十二条（第三十一条の規定に係る部分に限る。）及び第三十三条の規定（これらの規定に係る罰則を含む。）を適用する。
新法第十三条の規定の適用については、この法律の施行の際現に旧法第十条第一項の登録を受けている者は、附則第三条第一項の規定にかかわらず、その登録を受けた日において、新法第十条第一項の登録を受けたものとみなす。
附則第一条第二号に掲げる規定の施行前にマイクロチップ（第二条の規定による改正後の動物の愛護及び管理に関する法律（以下この条において「第二条による改正後の法」という。）第三十九条の二第一項に規定するマイクロチップをいう。次項及び附則第十条において同じ。）が装着された犬又は猫を所有している犬猫等販売業者（第二条による改正後の法第十四条第三項に規定する犬猫等販売業者をいう。次項において同じ。）は、当該犬又は猫について、同号に掲げる規定の施行の日から三十日を経過する日（その日までに当該犬又は猫の譲渡しをする場合にあっては、その譲渡しの日）までに、環境大臣の登録を受けなければならない。
2附則第一条第二号に掲げる規定の施行前にマイクロチップが装着された犬又は猫の所有者（犬猫等販売業者を除く。）は、環境省令で定めるところにより、当該犬又は猫について、環境大臣の登録を受けることができる。
3前二項の登録は、第二条による改正後の法第三十九条の五第一項の登録（附則第十条において単に「登録」という。）とみなす。
4第二条による改正後の法第三十九条の十第一項の指定及びこれに関し必要な手続その他の行為は、附則第一条第二号に掲げる規定の施行前においても、第二条による改正後の法第三十九条の十第二項から第五項まで、第三十九条の十一第一項、第三十九条の十二第一項、第三十九条の十三第一項及び第二項並びに第三十九条の二十四第一号の規定の例により行うことができる。
5前項の規定により行った行為は、附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日において、同項に規定する規定により行われたものとみなす。