新規則第十一条の四第九項の規定は、新法第二十九条の三第四項に規定する特定外国新株予約権で同項に規定する付与をした日が施行日以後であるものについて適用し、旧法第二十九条の三第四項に規定する特定外国新株予約権で同項に規定する付与をした日が施行日前であるものについては、なお従前の例による。
2新規則第十一条の四第十項の規定は、施行日の属する年の翌年一月一日以後に提出する新令第十九条の四第十三項の調書について適用し、施行日の属する年の翌年一月一日前に提出した旧令第十九条の四第十三項の調書については、なお従前の例による。
削除
新規則第二十二条の五十の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
改正令附則第三十七条第五項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の新令第三十九条の三十九第二十七項に規定する分割等が施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われたものである場合における新規則第二十二条の二十三第十三項から第十八項までの規定の適用については、同条第十三項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成十八年四月一日以後最初に開始する連結事業年度開始の日前に行われた分割等である場合には、当該開始の日以後六月以内。第十八項において同じ。）」とする。
新規則第二十一条の十八第一号の規定は、同号に掲げる法人が平成二十年四月一日以後に新法第六十一条第一項に規定する法人の事業を利用する場合に適用し、旧規則第二十一条の十八第一号に掲げる法人が同日前に旧法第六十一条第一項に規定する法人の事業を利用した場合については、なお従前の例による。
2新規則第二十一条の十八第二号の規定は、同号に掲げる法人が附則第一条第四号に定める日以後に新法第六十一条第一項に規定する法人の事業を利用する場合に適用し、旧規則第二十一条の十八第二号に掲げる法人が同日前に旧法第六十一条第一項に規定する法人の事業を利用した場合については、なお従前の例による。
3一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号。以下この項において「整備法」という。）第三十八条の規定による改正前の民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条の規定により設立された法人であって、整備法第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたものを除く。）は、新規則第二十一条の十八第二号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、同号の規定を適用する。
改正法附則第五十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第八十一条の十五第十五項及び第十六項又は第六十九条第十六項及び第十七項の規定に基づく旧法人税法施行規則第三十七条の六（第四号及び第十三号に係る部分に限る。）及び第三十七条の七又は第二十九条の三（第四号及び第十三号に係る部分に限る。）及び第三十条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる旧法人税法施行規則の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
2改正法附則第五十九条第六項前段の規定により適用される法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第二十三条の二第一項の規定の適用を受ける改正法附則第五十九条第六項に規定する剰余金の配当等の額に係る法人税法第二十三条の二第二項に規定する財務省令で定める書類については、法人税法施行規則の一部を改正する省令（平成二十一年財務省令第十八号）による改正後の法人税法施行規則（次条第二項において「新法人税法施行規則」という。）第三十七条の規定を適用する。
新規則第二十二条の三十（第三項及び第四項に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第六十八条の十六第一項の表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2改正令附則第四十三条第五項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の新令第三十九条の六十一第八項に規定する現物分配が平成二十二年十月一日から同日以後最初に開始する連結事業年度開始の日の前日までの間に行われたものである場合における新規則第二十二条の三十九の二第九項の規定の適用については、同項中「二月以内」とあるのは、「二月以内（平成二十二年十月一日から同日以後最初に開始する連結事業年度開始の日の前日までの間に行われた現物分配である場合には、当該開始の日以後六月以内）」とする。
3改正法附則第百十二条第九項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の三十四（第四項に係る部分に限る。）の規定及び改正令附則第四十三条第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第三十九条の六十三（第五項に係る部分に限る。）の規定に基づく旧規則第二十二条の四十一第三項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
新規則別表第七（一）の書式は、平成二十八年一月一日以後に新法第三十七条の十一の三第七項に規定する金融商品取引業者等に開設されていた同項の特定口座につき提出し、又は交付する報告書について適用し、同日前に旧法第三十七条の十一の三第七項に規定する金融商品取引業者等に開設されていた同項の特定口座につき提出し、又は交付する報告書については、なお従前の例による。
2前項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める報告書に、新規則別表第七（一）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
改正令附則第三十二条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十八条の九第十六項及び第二十一項の規定に基づく旧規則第二十条の十六第六項及び第七項の規定は、なおその効力を有する。
2施行日から附則第一条第八号に定める日の前日までの間における新規則第二十条の二十一の規定の適用については、同条第三項中「第二十九条の五第四項に規定する」とあるのは、「第二十九条の五第七項第一号に掲げる」とする。
3改正令附則第三十二条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の五の規定に基づく旧規則第二十条の二十一の規定は、なおその効力を有する。
4改正法附則第七十九条第十四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の二（第三項第四号に掲げる構築物（当該構築物と併せて設置される同項に規定する財務省令で定めるものを含む。）に係る部分に限る。）の規定及び改正令附則第三十二条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第二十九条の五の規定に基づく旧規則第二十条の二十一の規定は、なおその効力を有する。
新規則第十九条の十の三、第十九条の十の四及び第十九条の十の五第十一項（同項に規定する電磁的記録印刷書面に係る部分に限る。）の規定は、平成三十年分以後の所得税について適用し、平成二十九年分以前の所得税については、なお従前の例による。
2平成二十八年分の所得税につき新法第四十一条の十八の三第一項の規定による控除を受けようとする者の新規則第十九条の十の五第十一項の規定の適用については、同項第一号ロ中「五年内」とあるのは「五年内（当該書類が、同条第一項第一号イ（２）に規定する特定事業年度を有し、かつ、同号イ（２）に掲げる要件を満たす同号に掲げる法人、同項第二号イ（２）（ｉｉ）に規定する特定事業年度を有し、かつ、同号イ（２）に掲げる要件を満たす同号に掲げる法人、同号イ（２）（ｉｉ）に規定する特定事業年度を有し、かつ、同項第三号イ（２）に掲げる要件を満たす同号に掲げる法人又は同項第一号イ（２）に規定する特定事業年度を有し、かつ、同項第四号イ（２）に掲げる要件を満たす同号に掲げる法人に対して平成二十八年中に発行されたものである場合には、同年中）」とし、同項第二号ロ中「当該寄附金を支出する日以前五年内」とあり、及び「当該寄附金を支出する日の属する年の一月一日」とあるのは「平成二十八年中」とする。
3平成二十九年分の所得税につき新法第四十一条の十八の三第一項の規定による控除を受けようとする者の新規則第十九条の十の五第十一項第二号ロの規定の適用については、同号ロ（２）中「一月一日」とあるのは、「一月一日以前」とする。
新規則第十八条の二十三第二項（新規則第十八条の二十三の二第十九項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定は、令和二年十月一日以後に提出する新法第四十一条の二の二第一項（新法第四十一条の三の二第二十項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に規定する申告書について適用し、同日前に提出した旧法第四十一条の二の二第一項（旧法第四十一条の三の二第二十項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に規定する申告書については、なお従前の例による。
改正法附則第百一条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の四十四の規定に基づく旧規則第二十二条の四十七の規定は、なおその効力を有する。
新規則別表第六（一）に定める書式は、租税特別措置法第二十九条の二第六項に規定する特定新株予約権でその付与をした日が施行日以後であるものについて適用し、同項に規定する特定新株予約権でその付与をした日が施行日前であるものについては、なお従前の例による。
2新規則別表第六（二）に定める書式は、施行日以後に提出する新法第二十九条の二第七項に規定する調書について適用し、施行日前に提出した旧法第二十九条の二第七項に規定する調書については、なお従前の例による。
3前二項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める調書に、新規則別表第六（一）及び別表第六（二）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。