この省令の規定により提出すべき申請書又は届出書は、この省令中別段の定めのある場合を除き、法第八十八条及び道路運送法施行令（昭和二十六年政令第二百五十号）第一条から第五条までの規定により権限を有する行政庁（以下「権限行政庁」という。）に提出するものとする。
2前項の申請書又は届出書に係る権限行政庁が地方運輸局長、運輸監理部長又は運輸支局長であるときは、その書類は、当該事件の関する土地を管轄する地方運輸局長、運輸監理部長又は運輸支局長に提出するものとする。この場合において、事件が二以上の地方運輸局長の管轄区域にわたるときは、その事件の主として関する土地を管轄する地方運輸局長に提出するものとする。
この省令の施行前に次の表の上欄に掲げる行政庁が法律若しくはこれに基づく命令の規定によりした許可、認可その他の処分又は契約その他の行為（以下「処分等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁がした処分等とみなし、この省令の施行前に同表の上欄に掲げる行政庁に対してした申請、届出その他の行為（以下「申請等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁に対してした申請等とみなす。
改正法附則第三条第二項に掲げる者は、この省令の施行の日から一年を経過する日までに、次に掲げる事項を記載した届出書を提出しなければならない。
道路運送法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第二条の規定により改正法による改正後の道路運送法（以下「新法」という。）第三条第一号イの一般乗合旅客自動車運送事業についての新法第四条第一項の許可を受けたとみなされる者については、当該許可とみなされる改正法による改正前の道路運送法（以下「旧法」という。）第四条第一項の許可に係る旧法第五条第一項第三号の事業計画をこの省令による改正後の道路運送法施行規則（以下「新施行規則」という。）第四条第一項の路線定期運行を行う一般乗合旅客自動車運送事業に係る新法第五条第一項第三号の事業計画とみなして、新法の規定を適用する。
2改正法附則第三条の規定により旧法第二十一条第二号の許可に係る乗合旅客の運送（以下「許可乗合旅客運送」という。）について新法第三条第一号イの一般乗合旅客自動車運送事業についての新法第四条第一項の許可を受けたものとみなされる者（以下「みなし一般乗合旅客自動車運送事業者」という。）（許可乗合旅客運送が新施行規則第三条の三第一号の路線定期運行に該当する場合に限る。附則第四条及び第五条第一項において同じ。）については、この省令による改正前の道路運送法施行規則（以下「旧施行規則」という。）第十九条第一項の規定により提出された乗合旅客運送許可申請書に記載された事項（以下「乗合旅客運送許可申請書の記載事項」という。）（新施行規則第四条第一項に掲げる事項に相当するものに係る部分に限る。）を新施行規則第四条第一項の路線定期運行を行う一般乗合旅客自動車運送事業に係る新法第五条第一項第三号の事業計画に記載されたものとみなして、新法の規定を適用する。
3みなし一般乗合旅客自動車運送事業者（許可乗合旅客運送が新施行規則第三条の三第二号の路線不定期運行に該当する場合に限る。）については、乗合旅客運送許可申請書の記載事項（新施行規則第四条第三項に掲げる事項に相当するものに係る部分に限る。）を新施行規則第四条第三項の路線不定期運行を行う一般乗合旅客自動車運送事業に係る新法第五条第一項第三号の事業計画に記載されたものとみなして、新法の規定を適用する。
4みなし一般乗合旅客自動車運送事業者（許可乗合旅客運送が新施行規則第三条の三第三号の区域運行に該当する場合に限る。）については、乗合旅客運送許可申請書の記載事項（新施行規則第四条第五項に掲げる事項に相当するものに係る部分に限る。）を新施行規則第四条第五項の区域運行を行う一般乗合旅客自動車運送事業に係る新法第五条第一項第三号の事業計画に記載されたものとみなして、新法の規定を適用する。
この省令の規定による改正後の道路運送法施行規則第二号様式は、この省令の施行の日以後に自家用有償旅客運送者登録簿にする登録について適用し、この省令の施行の日前に自家用有償旅客運送者登録簿にした登録については、なお従前の例による。
道路運送法の一部を改正する法律附則第三条第二項の国土交通省令で定める期間は、平成二十九年四月一日から次の表の上欄に掲げる期間の同法附則第一条ただし書に規定する改正規定による改正前の道路運送法（以下「旧法」という。）第四条第一項の許可があった日に応当する日（応当する日がない場合にあっては、その前日）までの期間とし、その適用は、同表の中欄に掲げる当該許可があった年の西暦年数の一位及び同表の下欄に掲げる当該許可があった日に応じてするものとする。